档案是国家的宝贵财富，由于战争、自然灾害和人为破坏等原因，致使一些档案损失严 重。
　　　　清代黑龙江将军衙门在其各项活动中形成大批重要档案。在1900年（清光绪二十六年） 八国联军入侵中国的同时，沙俄军队袭击齐齐哈尔等地，大肆烧杀抢掠，并将黑龙江将军衙 门档案抢掠一空。据1901年6月30日黑龙江将军衙门接到兵司的报告：“光绪二十六年八月初 四日，俄队入省城（齐齐哈尔），开炮后即占据府署，搜掠库储，并将档册楼拨兵把守，各 持枪械，不准我值班兵员进前窥视。后俄国皇帝暨伯力总督由海参崴调派二品衔学士鲁达阔 甫到省，该员熟悉满汉文字，自行盘阅后，即带领俄兵将楼内所存档册，自康熙二十二年起 至光绪二十五年底止，所有行来文件、陈旧档册统行搜掠装箱运去”。1901年，绥化厅向黑 龙江将军衙门报称：“去岁9月8日，俄兵侵入绥化盘踞，损失税科档册9本7束，请领印信文 件1束”。1901年12月15日，墨尔根副都统衙门报称：“副都统衙门各司档楼所存的档案、册 籍，均于去岁俄乱时被劫掠一空”。同年12月29日，宁古塔副都统衙门向吉林将军衙门报称 ：“去岁兵燹以来，所有衙署档册均已损失，一无所存”。1901年巴彦苏苏城被匪攻破，呼 兰厅同知署的案卷、册簿均被焚毁。1904年10月7日，呼兰厅因衙署失火，所有税赋案卷、册 簿均被焚毁。1911年2月8日，俄巴里司（警察所）人员，带领俄兵8人将昂昂溪税局内枪支、 弹药、帐薄、文稿、卷宗等带回巴里司，文卷各物均被收缴。
　　　　1914年，饶河县太平沟发生一起较大的山火，北部地区火势蔓延至饶力河边县署所在地 ，致使县署的四座房屋被烧，所有署内文牍、档册全被山火焚毁。1921年，有一队号称“闯 王”的人马，攻入讷河县城焚烧了县署所有文件、档簿以及其他一些物品。1925年4月27日， 方正县署司法公厅因烧炕不慎失火，两间瓦房内存储的大量档案、册簿被焚毁。据记载，烧 毁司法卷宗3017卷，刑事卷宗156卷，民事卷宗31卷，以及案卷登记簿4册。还烧毁行政卷宗 890卷，统计卷宗75卷，以及1918年（民国7年）以前的大租册、1925年（民国14年）前大租 票据等。同时被烧毁的还有土地册、检照簿、验契簿、田赋罚金凭据、证书等11300份。192 8年2月5日午夜，同江县署突然起火，烧毁厢房3间，烧毁档案17卷，其中有办理清乡、换领 枪械、销售印花、监所计算书、司法文卷、内务统计表、行政游巡队经费凭据、契税收入簿 、财政统计调查表、年度总决算书等。
　　　　1932年6月，驻林甸的伪军哗变，攻入县城，俘虏伪县长，开放监狱，收缴枪械，烧毁文 卷、册簿。驻绥棱县城伪军一部分哗变，收缴枪械弹药，也焚毁了库存的档案。
　　　　1945年8月，日本侵略者在其投降前夕，伪满洲国国务院总务厅长官五部六藏、总务厅次 长古海忠之主持召开各部、局、厅等日籍次长参加的会议。决定彻底实行“善后处理措施” 案，其中一项“重要措施”就是烧毁伪满洲国各部、局、厅及所属部门的全部档案资料。这 一决定的实施，致使东北沦陷时期各省、市、县敌伪军政机关以及团体形成的档案、资料， 除日本侵略者运走的以外，几乎全被销毁，所剩廖廖无几。
　　　　50年代，由于档案管理制度的不健全，以及管理不善，档案遭受损坏和随意丢弃、销毁 的现象也时有发生。巴彦、桦川、富锦等政府机关把档案放在仓库里，由于潮湿、霉烂、虫 蛀、鼠咬而损坏。佳木斯市民政科只是科长口头批准，将1952年以前的一些档案材料做了销 毁处理。该市体育运动委员会将1953年以前的会议材料全部销毁。孙吴县政府机关未经批准 ，亦未登记，把保存的1946年至1948年期间形成的档案全部做了销毁处理。
　　　　1959年11月19日，哈尔滨市邮电局大楼突然起火，而且火势很大，将大楼全部烧毁，该 局存放在楼内的党、政、工会、青年团的档案804卷全部被烧毁，其中有党委档案150卷、行 政档案500卷、工会档案70卷、共青团档案40卷，以及其他各类档案44卷，还烧毁各类文件2 988份。1963年12月19日，双鸭山市尖山分社办公楼失火，烧毁的档案有分社党委1958年至1 962年的档案；五反核心组、团委、妇联、武装部1960年至1963年的全部档案和部分文件；工 业、财贸、监委1960年至1962年的全部文件以及文教、工业的全部档案。1964年9月12日，绥 棱县幸福公社办公室发生火灾。据不完全统计，烧毁公社各种文件9210份，各种内部刊物20 00册。
　　　　“文化大革命”中，全省一些机关、单位档案室被封、被砸，档案散失、损坏、泄密的 情况十分严重。齐齐哈尔第一机床厂造反派组织以收缴“黑材料”为名，将工厂大量机密档 案和文件拿走，下落不明。1967年，牡丹江水泥厂档案室两名干部被造反派赶走，并在档案 室外面贴出告示：“今后借用档案可以随便”，造成档案的严重损失和失密。
　　　　1968年1月，鹤岗市工业局因“文化大革命”中派性斗争，办公楼内的物品被抢劫一空。 档案室保存的文书档案、科技档案、干部档案、工人档案也未幸免，共计5000余卷档案，有 的被抢走，有的为抢卷柜，而把柜内的文件材料扔出，散失在楼内外，造成了无可挽回的损 失。同年10月，鹤岗市民政局因工作人员被送进学习班，办公室被其他单位占用，将民政局 保存的荣复残废军人档案、社会救济和优抚档案、普选和区街政权建设档案，以及文书档案 500余卷，被送到火葬场仓库里推放。因无人管理均被焚毁，给工作带来极大困难。
　　　　1969年在战备中，一些机关和基层部门档案室，由于受档案要“少而精”、“轻装”思 想的影响，销毁了一些档案和资料。依安县11个公社把“文化大革命”以前的档案全部作了 销毁处理。宝清县夹信子公社全部档案找不到下落。齐齐哈尔市城建局城市规划图纸大部分 被烧毁，并把中央、省、市三级地质勘探部门对市区面积70平方公里进行实测、绘制成的15 6块原版图也付之一炬，给城市规划管理带来极大困难。
　　　　中共十届三中全会以后至1985年，全省加强档案工作的领导，加强机关档案的管理和保 护，对自然灾害可能损坏档案，做了大量的预防工作，并基本杜绝了人为的使档案遭受损坏 。