50年代末，全省各级档案馆建立之初，对已接收进馆的档案进行了初步整理编目。依照 档案的整理程序，首先是划分全宗。在划分全宗的基础上，进一步作分类、编制案卷目录等 项工作。在分类时，全省县级档案馆主要采用年度——组织机构；组织机构——年度两种分 类法。如中共县委员会全宗，多数采用年度——组织机构分类法，即首先把一个全宗内的档 案按年度加以分开，并把每一年度的档案集中在一起，以保持档案在时间上的联系。同一年 度的档案，再按立档单位的内部机构，如办公室、组织部、宣传部、统战部等先后顺序进行 排列，它能较好地保持文件之间的内在联系，同时避免日后倒柜，在一个全宗内不用留空卷 柜，又便于对档案的管理。采用组织机构——年度分类法，即首先对全宗的档案按立档单位 的内部机构进行分类，以保持档案在来源上的联系。此后，在档案分类的基础上进行编目。 在建馆初期，主要是编制全宗目录和案卷目录，后一种是档案馆编制的主要目录，也是档案 统计工作的基础。卷内文件目录主要由文书处理部门在组卷时编制，档案馆收进的零散文件 ，组卷时亦应作此项工作。
　　　　1958年，全省档案部门掀起了“大收、大编、大用”档案的高潮，地、市、县档案馆从 各单位收进一大批未归档的零散文件。1959年11月，根据省委办公厅的指示精神，全省档案 部门开始对“大跃进”中大收、大编的档案资料进行甄别与整理编目工作。对已接收进馆的 档案进行核对，属于未归档又有长远保管价值的文件作归档处理，有的拆卷补充，有的重新 组卷、编目。对于重份的或没有参考价值的或价值不大的逐件登记，经领导审查批准后做销 毁处理；纯属专业部门的资料，如秘方、验方以及诗歌等移交给有关部门；从档案中抽文件 搞汇编的一律归回原卷。呼兰县档案馆经过40天的工作，共整理积存文件23万余件，县委全 宗整理出1300卷，县人委全宗整理出957卷，县直机关整理2650卷。随后还整理了共青团、妇 联等全宗的档案。阿城县档案馆对接收进馆的档案和积存的零散文件及不合要求的案卷进行 整理加工、编目等项工作，共组成500余卷。绥棱县档案馆采取突击的方法整理积存档案，三 个月整理组卷2724卷，并按组织机构——年度的方法进行分类、排列、编目。龙江县档案馆 接收了县委与县人委两个机关档案室的全部档案，对已接收的档案进行检查，案卷质量不高 和已撤销的景星县未经整理的档案，由档案馆牵头进行整理编目。并对馆藏1946年至1960年 的档案进行复查调整工作，做了系统化整理。在一个年度或一个机构内，根据党的每一个时 期的方针政策，从提出、贯彻到实现全过程所形成的文件，组成一卷或数卷，以保持一项方 针、政策所形成的文件之间的联系。在案卷质量上做到归档的文件材料齐全完整，档案整理 分类准确，案卷组成保持文件的历史联系，卷内文件排列条理，保管期限划分的准确清楚。 1960年4月全国县档案馆工作兴宁现场会议后，召开全省县档案馆工作龙江现场会议，介绍龙 江县整理档案的经验。龙江现场会提出贯彻“以党的方针政策为纲整理档案”的要求，对于 过去按作者、文件名称立卷的案卷，坚决予以调整。会后，地、市、县档案馆按照“以党的 方针政策为纲”的精神，对馆藏部分案卷重新进行调理。讷河县档案馆1960年5月在县委统一 安排下，抽调公社党委秘书、县直机关、工厂文书30余人，经过3个月的时间，对县委、县人 委、县总工会、团县委、县妇联等全宗（1946—1959年）的档案9607卷，重新进行调整。19 62年，呼玛县档案馆对馆藏的2686卷档案进行复查，并对其中105卷质量差的案卷重新进行了 整理。全省地、市、县档案馆按照“以党的方针政策为纲”的方针进行整理档案，调整的幅 度较大。不少地方是打乱原有案卷整理基础，拆卷后重新组卷，将原案卷目录、卷内文件目 录作废，重新编制，造成一定的浪费。
　　　　1963年12月，黑龙江省档案馆筹备处按照全国档案馆工作会议关于妥善安排档案整理工 作的要求，对黑龙江、松江两省合并前的厅、委、办、局的档案40915卷进行接收和整理。并 按照档案的不同情况，采取不同的分类方法。
　　　　1964年，贯彻国家档案局《关于县级机关划分档案全宗的意见》，全省县级档案馆为了 使档案整理更加规范化，重新调整已有的全宗。其中县级党群系统有：中共县委员会、县直 机关党委、县委党校、政协、总工会、团县委、县妇联、县工商联等全宗。县政权系统有： 县人民委员会、法院、检察院、人民银行与农业银行县支行等全宗。企事业部门有：医院、 学校、报社、文化馆、工厂、农场等全宗。县直局、委、院、行的直属单位或派出机构的档 案，不另划全宗，合署办公的机关建立联合全宗。
　　　　1965年以后，为适应战备形势的需要，在全省范围内开展档案整理与鉴定工作，提出永 久、长期、定期三个不同保管期限的档案要区分开，分别编目，分别保管。由于龙江现场会 后进行案卷调整，多采取“一线穿”或“一杆子插到底”的立卷方法，致使馆藏档案中不同 保管期限的文件混杂在同一案卷中的情况比较普遍。这次整理与鉴定中，为避免大量拆卷， 推倒重来，乱折腾的情况，在肇东县试点时提出就高不就低的方法，即同一案卷内长期与永 久两种保管期限的文件共存，定为永久卷保存。要进行拆卷的仅是三种不同保管期限混杂的 案卷。嘉荫县档案馆进馆的5000余卷档案，文件混杂于同一案卷的情况比较普遍，重新进行 整理。在整理过程中，90%以上的案卷进行拆卷，按照不同保管期限重新组成4957卷。
　　　　对于“文化大革命”中形成的档案，根据中共中央和中共黑龙江省委关于处理“文化大 革命”中形成的档案材料的指示精神，省、地、市、县档案馆从1979年开始，对各级革命委 员会、革命委员会党的核心小组形成的档案的全宗划分问题，进行研究和探讨。黑龙江省档 案局根据“文化大革命”特殊的历史情况，提出了原则意见：1．革命委员会虽然是极“左” 路线的产物，但仍然是中国共产党领导的无产阶级专政的政权机关，它与各级人民委员会在 性质上未发生根本变化，这一时期革命委员会形成的档案，应与“文化大革命”前各级人民 委员会全宗相衔接。2．革命委员会内设立的党的核心小组，实行“一元化”领导，它是在特 殊的历史条件下，代行党委一部分职权，但它不是一级党委，它所形成的档案不能与党委全 宗相衔接。1971年以后恢复工作的各级党委形成的档案可与“文化大革命”以前各级党委全 宗相延续，中间所空的几年及其变化情况，可在党委全宗考证中加以说明。3．革命委员会（ 包括各办、组、部）形成的档案，应看作是各级革委会一个有机的整体，作为一个全宗处理 ，不能按工作性质把档案分散到“文化大革命”前的各职能部门中去。4．“文化大革命”中 ，不仅各级政权机关建立革命委员会，而且各职能部门、工厂、企事业单位也都成立革命委 员会，它所形成的档案不能单独划分全宗。对于“文化大革命”期间造成的档案管理混乱和 文件散失情况，全省各级档案馆进行了清理和整理工作。哈尔滨市档案馆已接收进馆的档案 ，是因为“文化大革命”中一些单位被撤销，或者处于瘫痪状态，而突击向档案馆移交的， 档案整理任务比较繁重。市档案馆组织专门力量，将1946年至1960年的文书档案进行调整， 有的重新组卷，划分成58个全宗，并按组织机构——年度，或年度——问题进行分类。鹤岗 市档案馆为了使馆藏档案统一管理，做到存放有序，从人事部门借调11名待分配的大专院校 毕业生，边整理，边编目，共整理市委、市人委两个全宗的文件18152件，组成1815卷，重新 编制了文件目录。七台河市档案馆对馆藏2500卷档案，逐卷进行检查，解决案卷中保管期限 不分、年度不分、立档单位不分等问题。对已整理的档案划分为11个全宗，区分不同的保管 期限，编制案卷目录。阿城县档案馆对于“文化大革命”中收集到的档案和零散文件逐件进 行检查，针对存在的问题，按照归档的要求和档案标准进行整理，共组成4000余卷。鸡东县 档案馆协助有关部门开展文件的清理工作，抽出10余人清理出1．5万份文件，对于其中有保 存价值的2625份文件，经过分类组成236卷。巴彦县档案馆对已有的案卷进行检查，发现大部 分案卷是按来文机关组卷，保管期限划分不准，只注重上级机关下发的文件，而忽视本级形 成的文件和会议文件。通过办训练班，用两个月的时间对295卷档案全部拆卷，重新进行分类 、鉴定、组卷和编目。佳木斯、绥化、集贤、德都等市县档案馆，清理“文化大革命”中大 量的积存文件，采取收集、分类、鉴定、立卷、编目相结合的方法，较快地完成了整理工作 任务。到1985年，全省各级档案馆按照省档案局制定的档案管理规范化的要求，对馆藏的档 案普遍进行整理，使全宗的排列井然有序，为档案管理现代化创造了条件。