1947年5月，成立武装护航大队。
　　　　1950年3月，成立省航运局保卫科，编制为8人。
　　　　1958年，调整机构时，保卫科改为经济保卫科。
　　　　1962年，成立黑龙江省航运局公安科。由原经济保卫科8人增至24人，下设机关、内勤、 船舶、航道4组。辖黑龙江航运水上警察队、哈尔滨航运站公安派出所。
　　　　1964年7月，公安科改为公安处，编制31人。下设办公室、政保、经保、治安科，水上乘 警队、航运公安派出所。
　　　　1967年3月，在“文化大革命”中，省航系统公安机构实行军事管制，成立军管会。1969 年8月，成立人民保卫组，后改为人民保卫部。
　　　　1974年2月，恢复公安处，机构设置恢复。
　　　　1976年，增设防火科。
　　　　1983年8月，经省公安厅和交通部公安局批准，建立看守所、拘留所、收审站。
　　　　1985年，经省人民政府同意，省公安厅批准改为黑龙江航运公安局。编制197人。下设办 公室、政保科、经保科、治安刑侦科、防火科、看守所、收审站、黑龙江水上警察队。辖11 个直属企事业单位和22个地方航运公司(队)的公安分局、科、股，实行地方和上级业务部门 双重领导。全省航运公安干警共有197人。