黑龙江省国营农场的科研系统，建立了“一局一所、一场一站”的格局后，当时总局没 有建立科研中心，还没有一个具体的组织者和协调者，因而力量分散，课题零乱而且重复， 许多重大的研究课题难以进行。1978年4月20日，国 务院工作组科技组在垦区进行考察后，做出考察报告，明确建议：“……急待落实10项科学 研究课题，要有一个垦区研究中心，总局应成立科学院。科学院应建设化学分析、机械测试 、农业育种和科技情报等四个中心。当前重点建设化学分析和机械测试中心。”国家农垦总 局完全同意这个报告。11月30日，省农场总局党委在《关于组建整顿科研机构和定编的通知 》中确定“立即组建科学院”，并决定由总局副局长王正林任组长，成立5人筹建领导小组。 经过半年的考察、规划和审批，于1979年7月21日，经省政府批准正式成立“黑龙江省农垦科 学院”，隶属于黑龙江省农场总局（副厅级独立科研事业单位），并于1980年6月18日在佳木 斯市安庆路南端破土兴建。“六五”期间院部建筑群及各专业研究所陆续建成，初具规模， 形成科研能力，并成为农垦科研中心。到1985年末，院部已组建成科技情报研究所、分析测 试中心（含农机鉴定站）、农业工程研究所、农畜产品综合利用研究所、农作物开发研究所 和电子计算中心等6个科研所和中心，加上1981年以后划归建制的水稻研究所和特产研究所， 共为8个研究中心。专职科技人员377人（其中高级13人，中级118人，初级246人），拥有大 型先进仪器设备43台（件）。1979—1985年，农垦科学院的基建投资累计为960．2万元，其 中国家预算内875．5万元，总局自筹84．7万元；科研经费累计为1868．8万元，其中国家农 业部拨给331．5万元，总局拨给1537．3万元。
　　　　农垦科学院在以主要精力投向基本建设的同时，从1980年下半年开始，承担了10项科研 任务。其中3项是国家课题——大豆高产开发、谷物干燥工厂化和能源研究；3项为省课题— —三江平原综合治理、农林牧经济结构、大豆万亩高产攻关。这些课题的进行，除部分从事 协调和组织外，大部分研究工作在基点进行。与此同时，还注重了培育人才和智力开发，组 织科技人员进修系统工程方法和学习氨基酸分析、气相、液相色谱、原子吸收光谱，电镜和 电脑的使用、维修等，并派出部分人员外出学习和考察，为科研事业的发展打好基础。
　　　　农垦科学院以应用和开发科研为主，紧紧围绕垦区农、林、牧三大主业及其加工业，抓 住生产建设需要，解决关键问题集中攻关，科研内容相对集中，不求全。农垦科学院与各科 研所、站构成整个科研体系。科学院的主要任务是组织协调、平衡课题，指导各科研所合理 分工，各有侧重地进行科学研究，搞好全系统的科研大协作，形成新的科技生产力。农场试 验站的任务是成果推广。上下协调、分工合作，使农垦科研工作尽快把自然资源优势转化为 农垦商品优势，为振兴农垦经济和繁荣边疆提供系列化技术服务