1644年（顺治元年），清军入关后，清廷为防沙俄侵略，从吉林水师营调拨部分战船移 驻黑龙江，归黑龙江将军节制。1684年（康熙二十三年）定水师营制，在齐齐哈尔、墨尔根 、黑龙江城水师营设总管。1736年（乾隆元年）设呼兰水师营。以上4城职官水手，自总管以 下共1115名，大小舰只为230艘，均受制于齐齐哈尔水师营总管，统属黑龙江将军节制。到1 905年（光绪三十一年）全部裁撤。
　　　　黑龙江城水师营设管水手四品官2人，五品官2人，六品官2人。编制水手419人，装备大 战船10艘。停泊码头位于城南70里处托里尔峰河。
　　　　齐齐哈尔城设水师营总管1人，管水手四品官2人，六品官2人，记注船务笔帖式2人。编 制水手268人，后增至568人。装备大战船10艘，二号战船15艘，江船5艘，划子船5艘，运粮 船50艘。停泊码头位于城南15里处船套。
　　　　1727年（雍正五年），黑龙江水师营移四品官1人驻墨尔根城。编制水手13人。装备二号 战船6艘，江船4艘，运粮船66艘。停泊码头位于城北。
　　　　呼兰水师营建于1736年（乾隆元年），设六品委官1员，水手40名，运粮船10艘。1746年 （乾隆十一年），设水手44名，六品委官1名，1765年（乾隆三十年）设领催1名，由水手内 拣放，裁撤六品委官，改派本处佐领兼管。