元代，黑龙江、乌苏里江流域，属水达达路和开元路；嫩江流域属蒲峪路万户府和肇州 蒙古万户府。1271年至1294年间元朝在奴儿干地方设“东征元帅府”，统辖吉列迷、兀者、 骨嵬、水达达路等地乡兵、乣军及屯戍汉军。
　　　　蒙古族入主中原前，实行部落征兵制。即把游牧部落首领的私人护卫军扩建成精锐之师 ，平时轮番为朝廷入值宿卫，兼务杂役；战时则为“大中军”，名“怯薛”。按照蒙古族的 传统，“生长于马鞍间，人自习战”，男子凡“十五以上，七十以下，无众寡尽佥为兵”。 以万户、千户、百户的军事行政编制统一编组，“上马则备战斗，下马则屯聚牧养”，领兵 的百户、千户、万户皆是部落的世袭首领。
　　　　元代入主中原后设枢密院统领国家军队，正式分兵、民之治，进一步完善“军户”制度 ，和“奥鲁”组织，以保证兵源和粮饷。同时，保留了“怯薛”制，增设侍卫亲军和守备诸 军，建立起了全国范围的屯防体系。“军户”制度限制士兵及其家属属于军府，所以称之为 军户。军户子弟世代为兵，非经放免，不得脱军籍。“奥鲁”组织是一种屯防制度，即蒙古 人出征，举家同迁，在屯守地近处安置家口、屯辎重，此地便称之“奥鲁”。
　　　　1229年，蒙古族开始实行有限征兵制。按兵制“每一牌子，签军一名。限年二十以上， 三十以下者充之”。并立军户法，凡入军籍者，世代为兵，自身战死、病死，则由弟或子替 补，遇有战事，随时签军。黑龙江地区实行统一的征兵制。元史记载：1264年（元世祖中统 四年），“女直、水达达及乞烈宾地，合签镇守军，命亦里不花签三千人，付塔匣来领之” 。此外，亦依制屯田。元史载：“蒲峪路屯田万户府，世祖至二十九年十月，以蛮军三百户 女直一百九十户于战平府屯种……。仁宗大德二年，拨蛮军三百户属肇州蒙古万户府”。