一、宁古塔将军衙门
　　　　清顺治元年（1644年），清世祖（顺治帝）入关，定都北京，夺取全国统治权，建立了中国历史上的清王朝。在全国实行省、府、县三级管理体制。但东北地区因是清廷“龙兴之地”而实行“军府制”，即由驻防将军兼理各省民政。将军之下设置若干副都统、协领等，分别镇守各地。宁古塔将军始以满语称为“宁古塔昂邦章京”。清顺治十年五月初九（1653年6月4日），由梅勒章京（汉称副都统）升置。清康熙元年十一月（1662年12月），改称镇守宁古塔等处地方将军，简称宁古塔将军，并设置宁古塔将军衙门。
　　　　二、黑龙江将军衙门
　　　　清康熙二十二年十月（1683年12月），清政府任命萨布素为镇守黑龙江等处地方将军，设置黑龙江将军衙门，管辖黑龙江中上游两岸广大地区，黑龙江下游地区仍由宁古塔将军（后改称吉林将军）管辖。是为以“黑龙江”命名政区、设置省级政权机构之始。
　　　　三、黑龙江行省公署
　　　　清同治元年至光绪元年（1862～1875年），黑龙江地区相继设置了一些专管民政事宜的行政机构。20 世纪初，又因中东路的通车及全面放荒的实行，“民事”待理，复因列强侵略活动加剧，涉外事宜更加频繁。清政府于清光绪三十三年（1907年）决定在东北废除军府制，实行行省制。于是，裁撤黑龙江将军，设置黑龙江行省（驻齐齐哈尔城），是为黑龙江设省之始。行省设置前后，各副都统、协领等军政机构均予裁撤，由道、府、厅、州、县等行政机构所取代。从此， 黑龙江地区变旗制而改设民官，政权组织形式与全国基本趋于一致。