黑龙江地区的伊斯兰教信奉者在金末元初即有进入。目前在黑龙江地区尚未发现清以前的伊斯兰教文物遗存。清代，迁徙到黑龙江境内的穆斯林前后经历了清初的开禁、中期的封禁和后期的开禁放垦3个阶段。移入黑龙江地区的人员主要有2种类型，即“流人”、垦民和流民。清代黑龙江地区地处中国边陲，自清朝顺治中期始，便成了接纳 “流人”（即“罪犯”）流放之地。清顺治年间，“流人”多发遣宁古塔（今海林县旧街乡），其中有少数穆斯林。清顺治十五年（1658年），穆斯林起义被镇压后，人员多被流放到卜奎（今齐齐哈尔市）等地沦为旗人的奴隶。清康熙七年（1668年），清廷下令废除《辽东招民开垦例》，对东北实行封禁，仍有相当一批穆斯林人口流入黑龙江地区。清乾隆二十五年（1760年）黑龙江将军绰勒多为疏散回族穆斯林而奏请朝廷。清乾隆四十一年（1776年）十二月清政府为进一步禁止流民潜入，全面封禁吉林地方。清乾隆四十六年至清乾隆五十九年（1781～1794年），有12户近50多穆斯林被流放卜奎或给索伦、达呼尔为奴。清嘉庆二十年（1815年）中国伊斯兰教哲赫林耶第三世教主马达天等数十人被流谪卜奎。马达天于途中病逝吉林船厂（今吉林市）。清道光六年（1826年），又有新疆维吾尔族穆斯林18人被流放黑龙江地区。自清代中期起，穆斯林因生活习惯和宗教生活的需要，从散居状态逐渐向村落聚拢。回族穆斯林除多数人从事农业生产外，还有以商业、手工业谋生者，流入城镇定居后，便筹款建清真寺、购买墓地。这些回族穆斯林定居后，逐渐编入民籍，成为黑龙江地区人民的一部分。清末黑龙江地区信奉伊斯兰教者共14 786人。中华民国初年，伊斯兰教传入黑龙江地区达到鼎盛时期；人口发展到约2万人，成为黑龙江地区内一支引人瞩目的移民新军和宗教群体。据伪满1938年统计，黑龙江地区清真寺共计55座，宗教职业者121人；信教者22 456人；1940年，黑龙江地区共有清真寺64座，阿訇90人，男性穆斯林23 050人；女性穆斯林7 813人，总计为30 863人。1949年10月1日中华人民共和国成立初期，山东、河北等地穆斯林，应林业、煤矿等企业的招工，到黑龙江地区定居。穆斯林聚居的林区、煤矿等地，在政府的资助下都建立了清真寺。80年代初，大庆市创立清真寺1座，以满足来自全国各地大庆石油工人中的穆斯林宗教生活的需要。 伊斯兰教教派较多，黑龙江地区伊斯兰教主要有两个教派，格底目派和哲赫林耶派，黑龙江地区伊斯兰教绝大多数是属于格底目派，有12万人之多。迁徙到黑龙江地区的穆斯林，经历了由少到多的漫长历史过程，而今人口已遍布黑龙江省全境。1982年，黑龙江省穆斯林人口数为126 534人，其中回族穆斯林多达12万余人，还有其他少数民族穆斯林。总的分布情况是“大分散小集中”，许多古老的城镇都有回族穆斯林的聚居区。省城哈尔滨市的穆斯林就有2.5万多人。
　　　　伊斯兰教的活动场所清真寺亦称礼拜寺。清真寺在黑龙江地区的始建年代不详。据1956年统计，黑龙江省内清真寺共计89座。1958年，少数市县的几座清真寺合并1处，截至“文化大革命”前，全省共有70座清真寺。进入80年代，鸡西、双鸭山等地又新建几座清真寺。《古兰经》是伊斯兰教的根本经典，被认为是“安拉的言语”，是伊斯兰教最根本的权威依据。全省各寺都曾收藏过一些经典。为数最多的齐齐哈尔清真东寺，藏有几百册，其中有上百年的经典，不少是历任阿訇留下的手抄本。“文化大革命”时，红卫兵查抄并烧毁了各寺及阿訇家中的大部分经典。仅有少数经典经阿訇们辗转掩藏转移，才得以保存至今。黑龙江地区穆斯林也依照伊斯兰教历行事。每逢伊斯兰教节日和纪念日，届时都要举行宗教仪式活动。黑龙江省穆斯林除履行五功外，也和国内外穆斯林一样特别重视宗教节日。伊斯兰教重大节日有：即开斋节、古尔邦节和圣纪。黑龙江省伊斯兰教团体历史较久，1949年10月1日中华人民共和国成立以后，伊斯兰教社会地位日见提高，1964年6月5日，黑龙江省伊斯兰教第一次全省代表大会在哈尔滨召开，会上正式宣告成立黑龙江省伊斯兰教协会。黑龙江省伊斯兰教第二次代表会议于1980年5月4日至10日在哈尔滨市举行。黑龙江地区伊斯兰教不断发展同各国间交往，扩大了黑龙江省的对外影响，几年来，接待20多个国家的来宾，约700人。其中哈尔滨清真寺的教职人员从1980年到1985年，就先后接待国外来宾335人次。