清朝在东北的地方行政制度，与关内的省、府、县行政制度不同，实行的是在满洲八旗 制度基础上形成的“军府制”，即由驻防将军、都统、副都统、协领、佐领、防御等军事长 官兼理辖区内的民政事宜。清朝中期以后，由于“封禁”解除，流民涌人，于是，在东北地 区相继出现了专掌民事的行政建置，形成将军、府（直隶州、厅）、县三级体制。到1907年 ，清政府终于改革东北地区吏治，决定废除军府制改为行省制，同全国一样实行省、府、县 三级体制。
　　　　宁古塔将军 清朝军政制度，将军之下设置副都统，副都统
　　　　衙门为二级军政机构， 所辖区域为二级军事、行政区划。宁古塔将军在其辖区内先后设有宁古塔、吉林、伯都讷、 拉林、阿勒楚喀、三姓、珲春等7城副都统。其中在今黑龙江省境内的有宁古塔、拉林、阿勒 楚喀、三姓4个副都统。
　　　　宁古塔副都统 宁古塔副都统与宁古塔昂邦章京同设于1653年（顺治十年），驻宁古塔 旧城（今海林县旧街乡）。1907年吉林将军裁撤后，改隶于吉林行省。宁古塔副都统的辖区 ，最初东到日本海，西至张广才岭，西北到尼布楚（今俄罗斯涅尔琴斯克）一带，北抵外兴 安岭，南达图们江。以后随着黑龙江将军和三姓副都统、珲春副都统的设立以及沙俄的侵占 ，宁古塔副都统的辖区逐渐缩小，1881年（光绪七年）以后，管辖范围仅为今牡丹江市及所 属各县市的行政区域。
　　　　三姓副都统 1714年（康熙五十三年）在三姓地方（今依兰县城）设置协领镇守，隶属 于宁古塔副都统。1732年（雍正十年）曾设过三姓副都统，隶属于宁古塔将军。管辖范围包 括松花江下游、黑龙江下游及乌苏里江流域的绝大部分地区，东到海和约色河以北地区，西 隔毕瞻河与黑龙江将军区为邻，北至乌第河以南，南与宁古塔副都统接壤。下辖三姓、富克 锦（今富锦市）两城驻防协领。
　　　　拉林副都统 拉林副都统始设于1744年（乾隆九年），驻拉林城（今五常县拉林镇）。 其辖区包括今五常、双城、阿城、宾县一带。后改设拉林协领，隶属于阿勒楚喀副都统。
　　　　阿勒楚喀副都统 1725年（雍正二年）清朝设阿勒楚喀协领，隶属于吉林副都统。1744 年（乾隆九年）改隶于拉林副都统。1756年（乾隆二十一年），设置阿勒楚喀副都统，治所 在阿勒楚喀城（今阿城市）。管辖范围为，东至蚂蜒河三姓副都统界，西至兰陵河，北到松 花江，南至吉林乌拉，包括今阿城、宾县、尚志、延寿和五常、双城一带。下设阿勒楚喀、 双城堡、拉林3城协领。
　　　　清朝自雍正年间后，陆续在宁古塔将军境内先后设立了一批专司民政事务的行政建置， 如泰宁县、宾州厅等。
　　　　黑龙江将军 1683年（康熙二十二年）清廷设镇守黑龙江等处地方将军。1685年（康熙 二十四年）以后，黑龙江将军治所由黑龙江左岸的旧瑷珲城，迁驻黑龙江右岸的新瑷珲城（ 今黑河市爱辉镇），后再移驻墨尔根城，最后又移至齐齐哈尔城。在今黑龙江省境内，黑龙 江将军辖区内先后设有黑龙江、墨尔根、齐齐哈尔、呼伦贝尔、呼兰、布特哈、通肯等7城副 都统，以及兴安城副都统衔总管。
　　　　黑龙江副都统 又称瑷珲副都统驻新瑷珲城。黑龙江副都统的辖区前后变化很大，初设 时北部到外兴安岭。1858年中俄《瑷珲和约》签订后，黑龙江副都统辖区仅剩黑龙江以南地 区了。
　　　　墨尔根副都统 1693年（康熙三十六年）设墨尔根副都统，与黑龙江将军同驻于一城。 辖区东至小兴安岭和伊勒呼里山脉南段与黑龙江副都统区接壤，西隔诺敏河与齐齐哈尔副都 统为邻，南达讷谟尔河，北至伊勒呼里山。
　　　　齐齐哈尔副都统 1698年（康熙三十七年）设齐齐哈尔副都统，驻于齐齐哈尔城，黑龙 江将军移驻齐齐哈尔后，副都统与将军合署办公。其辖区最初东至小兴安岭，西到雅鲁河和 大兴安岭，南界松花江，北临讷谟尔河及诺敏河。后因设置呼兰副都统和通肯副都统，辖区 仅剩下今齐齐哈尔市所属的大部分地区。
　　　　呼伦贝尔副都统 1743年（乾隆八年）设置呼伦贝尔副都统，驻于呼伦贝尔城（今海拉 尔市）。其辖区北面与俄国交界，西面与南面与外蒙古交界，东面为布特哈副都统辖区，包 括海拉尔、满洲里、陈巴尔虎旗、新巴尔虎旗、额尔古纳旗、喜桂图旗，鄂温克旗等。
　　　　呼兰副都统 1879年（光绪五年）设置呼兰副都统，驻于呼兰城。其辖区东至小兴安岭 南段西麓，西界杜尔伯特旗，南临松花江，北到通肯河流域，包括今呼兰、绥化、海伦、巴 彦、木兰、通河、铁力、汤原等诸县市。
　　　　布特哈副都统 1894年（光绪二十年）由布特哈总管升置布特哈副都统，为专司索伦、 达斡尔、鄂伦春等族事务的军政建置。其辖区包括今黑龙江省的讷河、甘南、德都、五大连 池、克东、克山等市县。
　　　　通肯副都统 1899年（光绪二十五年）设置通肯副都统，初驻绥化，后移驻通肯城（今 海伦市）。其辖区系从齐齐哈尔副都统分出，包括今海伦、青冈、兰西、拜泉等市县。
　　　　兴安城总管 1882年（光绪八年）改为副都统衔，驻于兴安城（今嫩江县境内）。是专 司鄂伦春族事务的军政建置。
　　　　从同治年间开始，黑龙江将军辖区境内设置了呼兰府、绥化府、黑龙江分巡道等民政建 置。1907年4月，（光绪三十三年），清政府决定：裁撤盛京、吉林、黑龙江将军，设立奉天 、吉林、黑龙江三省，将东北地区旗民双重管理体制改为民政管理体制。黑龙江行省又称黑 龙江省，清政府礼部铸发的省印即为《黑龙江省印》，直隶于清朝中央政府，同时受东三省 总督节制。
　　　　黑龙江省仍以齐齐哈尔为省城。清末黑龙江省的行政区域基本上就是原黑龙江将军的统 辖区域。黑龙江省共设有3道、7府、6厅、1州、7县等行政建置。在今黑龙江省的松花江以东 地区原为吉林行省所辖，共设有2道、7府、3厅、1州、7县等行政建置。