黑龙江省水资源主要来自降水，全省多年平均地表水年径流总量655.8亿立方米，地下水总量273.5亿立方米，扣除两者之间重复水量157.1亿立方米，水资源总量为772.2亿立方米，水能资源理论蕴藏量为844.3万千瓦。全省人均占有水量2 093立方米，为全国人均2 700立方米的77.5%；耕地亩均占有水量504立方米，为全国亩均水量1800立方米的28%，低于全国平均水平。1985年全省耕地灌溉面积1 019万亩（其中水田694万亩、旱田325万亩），占全省耕地总面积的7.6%，远低于全国平均45. 1%的水平。黑龙江省不仅水资源偏少，而且年内、年际变化大，地区分布不均。嫩江流域耕地面积占全省的33%，人口占 27%，水资源仅占全省的10%；而黑龙江干流区耕地面积只占全省的6%，人口占2. 7%，水资源却占全省的30%。全省可开发利用的地下水资源集中在平原地区，每年可开采量为99.1亿立方米。地下水深度，依地貌、地质和降水条件而不同：三江平原为1-8米，平均5.5米，单井涌水量每小时20-150吨，平均每小时60吨；松花江干流区小于5米，单井涌水量每小时30-50吨；松嫩平原为5-30米，平均13米，单井涌水量在贫水的高平原潜水区小于每小时10吨，丰水区每小时25-150吨，平均73吨；山区地下水深度不一，储量不稳定。在松嫩平原的低平地上，由于地下水位高，年蒸发量大于降水量，弱度矿化地下水，致使盐分聚积地表，形成盐碱地。水能资源主要分布在黑龙江流域，占总储量的48. 2%，其次为牡丹江、嫩江、松花江干流，目前利用程度仅占理论蕴藏量的1.9%。