屯田制在辽、金时代即已出现，盛行于元、明两代。
　　　　金元之交，黑龙江地区的社会经济遭受了严重的战争破坏。成吉思汗即大汗位后，把在东进西征中占领的大片土地做为领地，分封给他的几个弟弟和儿子们。今黑龙江省肇源县、杜尔伯特蒙古族自治县及其以西到呼伦贝尔盟扎赉特旗、吉林省郭尔罗斯前旗和内蒙哲里木盟全境，是成吉思汗三弟哈布图哈萨尔的领地；大兴安岭以东、松花江以北，包括小兴安岭东段高峰布伦山（今伊春境内）在内的广大地区，是成吉思汗四弟贴木格斡赤斤的领地。上述领地之外的黑龙江地区东部和东南部，为女真族故地，土地关系仍因旧俗，由各个氏族部落共同使用，从事渔猎和农牧业生产。蒙古的领地制度到元世祖忽必烈统一全国建立元朝，并于1287年平定乃颜(乃颜，成吉思汗四弟贴木斡赤斤之曾孙，王城在今拜泉县中兴镇东古城。)诸王的叛乱之后即行废止，将全部土地收归国有，以消除诸王分地割据之患。世祖忽必烈仿中原之制，建立各级行政机构，采取重农措施，把“户口增，田野辟”做为升降地方官的主要依据，同时禁毁农田为牧场，限制贵族占有过多的“驱口”（即战争中俘掠的奴隶），招集逃亡，鼓励开荒，开展屯田。《元史》卷一百《兵志》载：“海内既一，于是内而各卫，外而行省，皆立屯田，以资军饷。”当时黑龙江地区属辽阳行省的开元路和水达达路管辖，路下设置若干个屯田万户府，组织屯田军和各族人民开拓土地。据有关资料，元在黑龙江地区设置的屯田万户府有：肇州蒙古屯田万户府（今肇东县八里城），蒲与路屯田万户府（今乌裕尔河流域及青冈、望奎、铁力一带），桃温军民万户府（今汤旺河流域），胡里改军民万户府（今依兰县 一带），脱斡怜军民万户府（今桦川县东北宛里古城），孛苦江军民万户府（今富锦县西南大古城）。此外，还设有奴儿干城（黑龙江口特林地方，设征东元帅府）、乃颜城（今拜泉县中兴镇东南古城）、明伦安城（今齐齐哈尔市梅里斯）、失宝赤万户（今黑河市西南）、塔海万户（今通河县大小古洞村）、灰亦儿千户所（今富裕县龙安桥以南）、古州千户所（今宁安县世环镇）等，统率当地军民进行屯田。蒙古贵族对当地族人奴役与剥削的形式与契丹统治者的做法大体相同，驱使他们从征作战、从事奴隶劳动并承担赋税。
　　　　明初在全国各地包括东北在内普遍实行屯田制。当时黑龙江地区仍控制在残元势力手中，及至1395年（明洪武二十八年）明朝统一黑龙江地区全境，特别是1409年设立地方最高军政机构——奴儿干都指挥使司之后，才在驻守在各卫所的军户中实行屯田，以应军需。《明会典·户部》记载：“国初兵荒之后，民无定居，耕稼尽废，粮饷匮乏。初命诸将分屯于龙江等处，后设备卫所，创制屯田，以都司统摄。每军种田五十亩为一分。又或百亩，或七十亩。功三十亩、二十亩不等。军士三分守城，七分屯种。又有二八、四六、一九、中半等例。皆以田土肥瘠，地方冲缓为差。又令少壮者守城，老弱者屯种，余丁多者，亦许其征收则例，或增减殊数。本折互收，皆因时因地而异云。”明代黑龙江地区的屯田规模较小，且不稳定。屯田的土地属于国家所有，屯田户的耕牛、工具由政府拨给，屯田户每年向国家交纳地租，每亩地租一般为2.8斗。明廷对居住在黑龙江地区的蒙古、女真等各部族人，则采取“因其部落，官其酋长”，“各仍旧俗”的政策，维持其原有的土地产权制度不变。