1892年，苏格兰长老会在阿城租房建立教堂，以后该会和爱尔兰长老会又分别派人到五 常（1893年）、宁安（1894年）、宾县（1895年）以及方正、延寿、一面坡等地创立教堂。 由于中西历史文化相异，道德价值观念差距悬殊，各地官绅民众对基督教多存疑惑，不断发 生冲突，教徒发展缓慢。到19世纪末，全省基督徒不足百人，多在双城、阿什河两地。
　　　　义和团运动爆发，传教士等纷纷远遁，很多教堂被捣毁，财产受损，但黑龙江地区基督 教堂因多系租用民房，尚未发生焚毁教堂的事件。
　　　　义和团起义失败后，英国长老会又卷土重来，成立了阿城教区。为帮助传教，同时还建 立了阿城基督教博济医院。但由于义和团运动余波和后来爆发的日俄战争以及其他因素影响 ，教徒增加很少。为此英国长老会总结教训，合并为关东长老大会，并变换策略手法，加强 向上层官绅渗透，同时于1907年在营口组织“黑龙江布道会”，选派华人牧师到黑龙江地区 传教，这是华人在黑龙江布道的开端，也是全国各基督教会向边疆布道的“先河”（③（③ 《中华基督教历史》甲编第七卷第三号。））。这些措施，见效明显，到1911年中华民国成 立前夕，发展基督徒达600余人①（①佟庆善著《黑龙江省华人布通会》，《长老会历史》。 ），仅通肯（今海伦市）一地就新发展基督徒176人②（②佟庆善著《黑龙江省华人布通会》 ，《长老会历史》。）。1911～1912年间，中华民国成立前后，德国路德会和丹麦信义会传 入黑龙江，从此结束了英国长老会独踞龙江的历史，开始进入西方各国差会在黑龙江地区既 妥协又竞争的建宗立派的传教阶段。这时，由于一些民国元勋和革命者是基督徒或是基督徒 的朋友，基督教事业比以前得到更大的支持和便利，尤其是华人牧师参与传教，理解障碍减 少，教徒增加很快。由此直到1931年“九·一八”事变，是黑龙江地区基督教发展的鼎盛时 期，英、丹、德、美、挪、俄、日、加、澳以及中国共计十几个宗派近千名教牧职员，在黑 龙江地区四处奔波，传教布道，有的互相竞争，有的分工合作，传教手法，变化多端。
　　　　在此期间，哈尔滨市日见繁荣，和内地及苏欧、日本的联系也日益密切。哈尔滨市基督 教界特别是原哈尔滨信义会中以武百祥为首的爱国基督徒，不甘受外国差会欺凌摆布，发起 了教会自立运动。他们积极组织各种团体，出版刊物，邀请外地自立运动领袖人物来哈尔滨 作讲演报告，向广大基督徒进行爱国宣传，积极捐资修教堂，拒绝差会资助，贯彻自养精神 ，有计划有步骤旗帜鲜明地与差会中的少数帝国主义分子和个别华人牧师作不调和的斗争， 谋求教会自立自传，取得了重大胜利，终于在1927年7月3日，改组成立哈尔滨市西门脸中华 基督教会；并进而组织哈尔滨市中华基督教会协会和吉黑中华基督教会协会。在他们组织影 响下，信义会、监理会、浸信会许多地方教会，纷纷先后自立。这一切都大大促进了基督教 在黑龙江地区的发展，到1931年“九·一八”事变前夕，基督徒数字达到2万人，占当时黑龙 江地区人口总数的4‰。绝对数字及与总人口比都为中华人民共和国成立前的最高峰，大小教 堂达200余所。
　　　　“九·一八”事变以后，日本帝国侵略军进犯黑龙江地区，哈尔滨市基督教爱国人士和 广大爱国基督徒积极捐钱捐物支援抗击日军，并组织救护队奔赴前线，冒着炮火救护伤员。 和以前反对帝国主义差会控制教会，谋求教会自立的历史后先辉映，共同书写了黑龙江地区 基督教会爱国反帝的光彩篇章。