日本军国主义侵占黑龙江后，对主要由英美传入的基督教采取控制利用的方针，对教牧 人员特别是英美等西方国籍教士0严加限制，当作“要视察人”①（①见《东北教会昨日与明 日》，中华全国基督教协进会民国三十五年十二明刊行。），跟踪盯梢，多方刁难。西籍教 牧人员，很多被迫离开黑龙江。基督教事业发展受挫，教牧人员及教徒人数开始下降。
　　　　1936年12月1日，日伪当局操纵一些宗派成立了“满洲基督教联合会”。委派日本特务山 下永幸担任该会的“总顾问”（②（②见《东弱教会昨日与明日》，中华全国基督教协进会 民国三十五年十二明刊行。）），加紧控制东北全境的基督教会。
　　　　1937年末，黑龙江地区境内有基督教堂135座，教牧人员349人，教徒总数降到14557人， 占当时人口总数2‰。
　　　　1941年12月7日，珍珠港事件爆发。美籍人员、齐齐哈尔约老会孔教士随之被日伪当局逮 捕，以后下落不明，其余英美籍人士均被驱逐。日伪当局随即又于1942年1月合并了伪满洲国 境内除基督复临安息日会以外的所有基督教会③（③见《东北教会昨日与明日》，中华全国 基督教协进会民国三十五年十二明刊行。）。黑龙江地区被归并为哈尔滨、齐齐哈尔、牡丹 江等3个教区，进一步全面控制基督教活动，一些华人甚至日籍教牧人员被捕下狱。更多的教 牧人员因不堪受日伪当局骚扰折磨，为了避祸而离开教堂，另就他业。留在教会的人也生活 艰难，人人自危，被迫养猪、养蜂、理发、学医、以副养教。日伪当局还强迫基督教徒违反 基督教“不可拜偶像”的诫命，“敬拜日本‘天照大神’和日本神社”（④（④同上，并见 《黑龙江省宗教志资料通讯》1984年第2期《黑龙江早期基督教考稿》第2页。））。有的教 会被禁止聚会或公开布道，许多教徒面临被捕威胁，因而被迫离开教会，教徒人数锐减。
　　　　1945年“九·三”抗日战争胜利后，各地教牧人员纷纷返回教会。但以后由于时局动荡 ，内战威胁，许多教堂被迫关闭，大量南方籍教牧人员返籍归里，以后又受土地改革运动冲 击和战争影响，一些县城和乡村的教堂因长期无人管理，或由于被部队医院征用而长期关闭 ，教牧人员逐渐集中到哈尔滨、齐齐哈尔、牡丹江、佳木斯等几个大中城市，教堂只有十几 座。1948年末黑龙江地区共有基督徒15242人。