1949年，中华人民共和国建立，全国政治协商会议通过《共同纲领》，规定有关“宗教 信仰自由”的条款。黑龙江地区一些基督教会相继恢复建立。
　　　　1950年6月，美帝国主义发动侵朝战争。9月，以吴耀宗为首的1500多位中国基督教界爱 国人士联名发表《中国基督教在新中国建设中努力的途径》的公开宣言，共同发起基督教三 自爱国运动。黑龙江地区广大爱国基督徒纷纷积极响应。于1951年5月成立“哈尔滨市基督教 三自革新运动筹委会”，积极为“基督教三自革新号”飞机捐款，订立爱国公约。对隐藏在 基督教内部的少数上层反动分子在黑龙江搞的阴谋活动，积极进行检举揭发，要求公安部门 予以打击。
　　　　1958年3月，黑龙江省基督教第一次全省会议在哈尔滨市召开，选举成立第一届黑龙江省 基督教三自爱国运动委员会，当年10月哈尔滨市各基督教会实现了联合礼拜。全省其他市县 各教会也很快这样做了。过去宗派林立的黑龙江省基督教界，在求同存异的前提下第一次呈 现团结统一的局面。
　　　　在新中国，基督教在广大人民群众心目中逐步发生了巨大的变化，再不被认为是为帝国 主义利益服务的“洋教”，许多上层人士当选为省、市甚至全国的人民代表或政协委员，参 与讨论管理国家大事。
　　　　50年代末60年代初严重自然灾害时期，中国共产党和人民政府对基督教上层人士按照高 级知识分子标准从各方面都给予无微不至的特殊照顾。
　　　　随着中国共产党宗教信仰自由政策逐步落实，也由于社会主义改造和社会主义革命深入 发展，一些长期信奉基督教的教徒甚至原基督教界的上层人士放弃或转变了自己的信仰，有 的人甚至还加入了中国共产党。1965年黑龙江省共有基督徒7451人，占当时人口总数的0．3 7‰。
　　　　在“文化大革命”中，在林彪、江青两个反革命集团干扰破坏下，中国共产党的“宗教 信仰自由”政策遭到粗暴践踏，《宪法》尊严扫地，黑龙江省的基督教职业人员均遭到批判 斗争，《圣经》和其他宗教书刊也被当作“四旧”受到批判，部分个人财物被非法拿走，有 的人甚至被非法关押，遭到殴打。公开聚会被全面禁止，正常的宗教活动被迫转入秘密状态 。很多基督教职业人员蒙受冤假错案，很多家属也受到株连影响。
　　　　1978年12月，中共十一届三中全会作出“拨乱反正”的决议，基督教职业人员在“文化 大革命”期间遭受的不公正待遇开始得到纠正，蒙受的冤假错案逐步得到平反昭雪，被拿走 的财物得以返还或赔偿，《圣经》及其他基督教书刊重新出版，中国共产党的宗教政策逐步 得到落实，宪法尊严重新恢复。
　　　　1981年1月，黑龙江省基督教第三次全省会议在哈尔滨市召开，选举产生了第三届黑龙江 省基督教三自爱国运动委员会和黑龙江省基督教协会，从此黑龙江省基督教各项宗教活动逐 步恢复正常。
　　　　黑龙江地区早期的基督徒大多集中在大中城市，初信平均年龄较高；近年新增加的教徒 大多集中在新兴的厂矿、林区、油田和偏远农村，初信平均年龄呈下降趋势，女性占显著优 势，平均文化程度也比较低。黑龙江省基督教三自爱国运动委员会和黑龙江省基督教协会， 自1982年以来，连续举办了三届义工班培训义工传道人，尽量满足各地信教群众的信仰和要 求，改善和提高信徒素质，同时也对一些地方发生的一些不良倾向和存在的问题进行了一些 甄别调查和适当处理，促进黑龙江省基督教活动日益正常化。省人民政府于1985年11月召开 会议表彰全省宗教界为四化服务先进工作者，基督徒几占受表彰人数的一半。到1985年末， 黑龙江省有基督徒39471人，约占当时全省人口总数的0．84‰，与总人口比虽还不及最高峰 ，但绝对数额已超过历史最高时期。