哈尔滨教区东正教会，最初隶属于后贝加尔教区管辖。所辖范围包括中国东北地区以及 与俄国接壤的后贝加尔地区。将哈尔滨东正教会划归后贝加尔教区统辖有其历史原因，最初 进入黑龙江地区的东正教教士皆系随军而来，而他们原来所在的教堂分属不同教区管辖。为 解决多头管理的混乱局面，于1900年（清光绪二十六年）经俄罗斯正教牧首会议确定，将中 国北满领土上的教务关系归属于后贝加尔教区。自此，对进入黑龙江境内的俄罗斯正教会的 教务行政，首次确立归属管理体制。
　　　　1903年（清光绪二十九年），在中东路全线通车之前，俄国东正教最高宗务会议根据北 京传教士团和一些驻北满的司祭们的请求，发布一项命令，将北满俄军已撤离地区的神职人 员及东正教事务，由后贝加尔教区移交俄国驻北京传教士团管辖①（①《哈尔滨教区的二十 年》［俄］译稿第66～67页。）。
　　　　早在1896年俄国攫取在我东北修筑铁路权之际，中俄之间达成的协议规定，铁路沿线两 侧划归铁路当局管辖。俄国当局为扩大东正教势力影响，将满洲里、海拉尔两站均划给北京 传教士团一定地段，用以修建教堂。在哈尔滨松花江大桥南端一侧的大块土地，当时就属于 北京传教士团的地盘，于是便在哈尔滨匆忙建成一座名为“圣母领报教堂”的简易教堂，这 便是北京传教士团哈尔滨分会的座堂。哈尔滨分会建立以后，先后有九任司祭在此主持教务 ，前七任为外籍司祭，后二任为国人司祭，其中第八任是何海林，第九任是姚宝顺。
　　　　继第二次教区统属关系变更之后，又于1907年划归符拉迪沃斯托克（即海参崴）教区管 辖。随乌苏里铁路与中东铁路的接轨，我境与符拉迪沃斯托克的联系日益频繁，教堂管理中 心也随之东移。对此，俄国东正教廷经沙皇尼古拉二世批准，于公元1907年8月21日发布第8 014号命令称：“……破例将北满及宽城子（长春）～绥芬河～满洲里，沿线教堂及其神职人 员由服从于北京传教士团首脑领导归并到符拉迪沃斯托克教区并受其领导。……”①（①《 哈尔滨教区的二十年》［俄］译稿第66～67页。）
　　　　据此，驻北京传教士团向符拉迪沃斯托克（海参崴）教区移交了10座教堂，撤回了12名 司祭和4名辅祭及3名诵经士。
　　　　滨绥、滨洲以及中东铁路沿线教堂，都划归海参崴教区统辖，称作第十三和第十七监督 区，前者辖理铁路沿线教堂，后者辖理所有随军教堂。只有哈尔滨市内圣母领报教堂和处于 西线的几个教堂仍由驻北京传教士团直接经管。于是，在黑龙江地区出现了海参崴教区与驻 北京传教士团并存的局面。