哈尔滨教区成立当时，辖管3个监督区，即：哈尔滨监督区，由亚·奥尼普金监督；东部 监督区，由弗·沙波什尼科夫任监督；西部监督区，由尼基金任监督。另有铁路所属教堂的 一般行政事务由铁路管理局民政处宗教事务科管理；教务事宜由哈尔滨监督亚·奥尼普金主 持。
　　　　1925年秋，梅弗季大主教到“三河”地区（即海拉尔、根河、额尔古纳河之间的地区， 今内蒙额尔古纳右旗、左旗和海拉尔一带）视察教务①（①《哈尔滨教区的二十年》译稿第 70页。）。早在梅弗季任后贝加尔和涅尔琴斯克（尼布楚）教区大主教时，就曾配合沙俄军 队向这一带迁徙数千哥萨克移民，建立30多个村屯。俄国十月革命胜利后，又有一大批俄国 人举家逃亡于此。哈尔滨教区成立后，三河地区东正教民为了满足宗教生活的需要，召开过 一系列会议，请求加入哈尔滨教区。因此，在梅弗季大主教来此视察后，便把这里列为哈尔 滨教区的一个监督区。在教区帮助下修建了一些教堂和祈祷所，并任命了神职人员，设立了 贮木场和学校。
　　　　俄罗斯东正教驻北京传教士团，自1903年起相继在哈尔滨建立起圣母领报（布拉戈维申 斯克）教堂和在满洲里建立英诺森教堂。这两座教堂都以直接隶属于驻北京传教士团的特殊 身份而存在着。
　　　　北京方面认定，铁路沿线车站辖区外的东正教堂，不应属于哈尔滨教区，因而在三河地 区建教堂是理所当然的。哈尔滨方面则坚持历史所形成的传统界线，并援引“在教区所辖的 区域里，没有该教区领导部门的同意，其他主教不得开设教堂”的条款规定，坚决反对北京 方面染指三河地区。双方对此僵持不下，各自都向流亡教廷提出仲裁申请。
　　　　流亡教廷于1926年12月8日（俄历11月26日），下达第100号命令，建议二位大主教分别 成立一个划界委员会，以便准确地划定辖区。根据这一命令，哈尔滨教区成立了划界委员会 。北京方面也成立了相应机构，从事勘界工作。
　　　　1931年4月，梅弗季病逝。其空位由梅列基大主教继任。1939年，流亡教廷下令派哈尔滨 教区大主教梅列基为国外教廷驻东亚地区的全权代表，以统管更大范围的东正教事务。早自 1930年始，先后有萨哈林岛（库页岛）教堂、日本神户俄侨所设圣母安息祈祷所、印尼爪哇 岛巴达比亚市郊圣母领报教堂、北部朝鲜扬科夫斯基处女地庄园教堂、澳大利亚悉尼市移民 教堂等，均隶属于哈尔滨教区管辖（①（①《哈尔滨教区的二十年》［俄］译稿。））。
　　　　1942年夏，被搁浅多年而又十分棘手的京哈教区划界之争，竟然获得解决。是年6月24日 ，北京传教士团首脑维克托尔大主教，在纳法纳伊尔修士大司祭陪同下抵哈。就前所未决的 北京教团设在哈尔滨教区辖内的教堂问题同哈尔滨与满洲督主教梅列基进行磋商。7月3日， 举行主教会议，就移交细节作进一步讨论。会上，维克托尔承认，北京教团设在满洲关东这 些异国教堂在管理上是不方便和不适宜的。会议决定将下列教堂移交哈尔滨和满洲督主教梅 列基管理：
　　　　（1）奉天（沈阳）教堂 　　（2）新京（长春）教堂 　　（3）吉林教堂 　　（4）传教士团哈尔滨分部 　　（5）传教士团海拉尔分部 　　（6）传教士团满洲里分部 　　（7）大连教堂 　　（8）基卡卡什女子修道院等决议申明“上述教堂行政管理权的移交不应视为俄国传教士 团在满洲帝国和关东省的撤销和临时关闭……。所有被移交教堂的全部财产仍属传教士团； 财产的管理权移交给哈尔滨和满洲督主教。”
　　　　在这项决定上签字的有：
　　　　哈尔滨和满洲督主教梅列基；
　　　　中国和北京大主教维克托尔；
　　　　堪察加和彼得罗甫罗夫斯克大主教涅斯托尔；
　　　　海拉尔主教季米特里；
　　　　齐齐哈尔主教尤韦纳利。
　　　　由于上述教堂的交割，致使哈尔滨教区的辖域空前庞大，形成一个东起库页岛，西至满 洲里，南濒大洋洲，北临黑龙江的广阔辖区。
　　　　哈尔滨教区辖属的监督区，也由原来的4个扩大到11个。此外还有一组由教区直辖的教堂 。这些监督区是：
　　　　1．萨鲍尔监督区 　　2．索菲娅监督区 　　3．伊维尔监督区 　　4．马家沟监督区　 　　5．圣先知监督区 　　6．滨洲线监督区 　　7．绥芬河监督区 　　8．齐齐哈尔监督区 　　9．三河地方监督区 　　10．一面坡监督区 　　11．京津线监督区 　　1924年5月31日，《中苏解决悬案大纲协定》签订后，苏联驻华大使加拉罕通过外交途径 处理俄罗斯正教在华财产事宜。按照《中苏解决悬案大纲协定》规定，所有属于俄罗斯正教 教堂的财产“按照中国内地置产现行法律及章程移交给苏联政府”。驻北京传教士团领班英 诺森·费古洛夫斯基主教得知这一消息后，立即向中国政府提出：在华的东正教“是中国的 东正教会，与苏联政府毫无关系，苏联政府提出的要求是无理要求。”并派遣华籍东正教士 向社会各界呼吁，请求声援。于此同时，原“俄罗斯东正教驻北京传教士团”也正式易名“ 中国东正教会北京总会”。下辖北京、上海、哈尔滨、新疆、天津等教区，由英诺森自任大 主教。1930年，设在塞尔维亚的“俄罗斯正教国外临时主教公会议”晋升英诺森为都主教。
　　　　中国政府鉴于沙皇政府已被苏维埃政府所取代的事实，曾于1920年9月，宣布取消原俄国 使领馆的使领待遇。又因梅弗季、梅列基一伙未按中俄解决悬案大纲协定向苏联驻北京领事 馆注册加入苏联国籍，已成为事实上的无国籍侨民。按照国际公法和惯例，无国籍者无权结 社集会，自然也无权享受所在国的承认和法律保护。因此，所谓“中国东正教会”是不合法 的。
　　　　在京哈教区辖界划分过程中，日本关东军又从中插了一手，使原已存在的错综复杂局面 更加复杂化。日本关东军侵占东北后，对此间的俄罗斯东正教经历了一个由支持、控制到粗 暴干预的过程。
　　　　1932年，日本帝国主义在中国东北一手炮制傀儡皇帝溥仪登极伊始，哈尔滨教区大主教 梅列基曾通告所属教堂，要求为满洲国皇帝和日本天皇及其臣民祝福祈祷。1941年12月7日太 平洋战争爆发后，梅列基也曾为日军的战绩大唱赞歌。及至1942年第二次世界大战和苏德战 局发生根本性转折时，哈尔滨教区的俄国神职人员才预感到形势微妙，前途渺茫。
　　　　1943年9月，苏联国内的俄罗斯正教会宣布恢复牧首制，阿列克塞出任莫斯科牧首区牧首 。他在出国访问时，到处阐述苏维埃政权的宗教政策。所有这些形势的变化，迫使哈尔滨教 区的上层神职人员和东正教徒，不得不对前途和形势重新加以估量，作出抉择。为此，黑龙 江地区的东正教徒，开始在政治倾向上出现分化。正是在这一背景下，哈尔滨教区同日本关 东军和伪满洲国当局发生了一场冲突。
　　　　1943年，日本关东军和伪满洲国当局联合发出一纸训令，要求哈尔滨教区俄罗斯正教教 职人员以及全体信徒向日本天照大神朝拜。教区大主教梅列基依据正教教义中有关不得向任 何异教神像礼拜的教条，对上述要求予以抵制。在1944年1月，梅列基针对上述训令发表的《 大主教告哈尔滨教区东正教教民书》中，号召东正教徒要为自己的宗教信仰“不惜献出一切 ，绝对不能朝拜异教的天照大神”。梅列基的这一断然举动，立即引起驻哈日本特务机关的 特别关注，从而使哈尔滨教区管理局同日本关东军特务机关原来颇为融洽的关系，顿时变得 紧张起来。
　　　　这种既有矛盾冲突，又相互依存的尴尬局面，一直僵持到1945年日军投降时，才归于了 结。