东正教的机构建制和组织管理有三整套自成体系的制度。其中，教区制是最重要的制度 之一。
　　　　东正教教区，是较高层次的教务行政机构，其地位仅次于最高领导层的牧首。教区通常 以相当大的行政区域划定其教区管理范围。教区的最高教务行政首脑都由主教或大主教担任 ，须经牧首直接任命或委派。
　　　　主教区首脑所在的座堂称主教府。主教府以下视实际需要设若干分教区，称为监督区， 其首脑由教区掌权主教任命，称监督司祭。每个监督区，掌管一定数目的教堂，教堂的首席 司祭称掌院。也有一些地位十分重要、名气较大的教堂，直接隶属于主教府，不受所在监督 区的管辖。东正教的一切重大教务的号令与实施，都是通过层层组织系统加以贯彻执行的。
　　　　传人中国及黑龙江以后的东正教，在半个世纪的时间内，曾数易其教区隶属关系。大体 是本世纪初以前的一段很短时期隶属于后贝加尔教区统辖。这是在俄罗斯正教随沙俄军队进 入中国不久，局面尚未打开归属尚未确定的历史条件下所采用的一种临时性措施。
　　　　自1903年到1907年的4年间，随着中东铁路的全线通车，俄国东正教最高宗务会议发布命 令，将北满的东正教事务由后贝加尔教区移交俄国驻北京传教士团管辖①（①《黑龙江文物 丛刊》1983年第一期第106页。），时称北京教区。当时作此变动的根据，名义上是应北京传 教士团和部分北满司祭之请，实质上尚有扩大势力范围与领导权之争的深层历史背景。
　　　　自1907年至1922年的15年间，包括黑龙江地区滨绥、滨洲铁路沿线在内的10座东正教堂 ，曾由北京传教士团的管辖之下划归符拉迪沃斯托克（海参崴）教区统属。这一变动，使黑 龙江地区的东正教堂出现了两个教区交叉并存的错综复杂局面，即一部分划归海参崴教区， 一部分仍由北京传教士团管辖。
　　　　自1922年至1965年的30多年间，属于哈尔滨教区管辖期间，是由始以来存在时间最长和 最后的一个教区。这一变更的历史大背景，源于1917年发生的俄国十月革命。
　　　　俄国十月革命，宣告沙皇制度的垮台和苏维埃政权的建立。原俄罗斯正教的教牧组织逃 亡国外，原有的教区体制运转失灵。在这种情况下，逃到塞尔维亚原流亡教廷，为壮大自己 的声威和影响，匆忙以国外临时主教公会议的名义发布命令，决定在哈尔滨建立临时独立教 区。这个局面一直持续到1945年8月苏联出兵东北，日军投降为止。其后，原哈尔滨教区的统 属关系归由莫斯科全俄牧首管辖。自1949年中华人民共和国成立和中苏正式建交以后，中华 东正教会作为独立行使教务主权的宗教团体，完全取代了旧的隶属关系。但是，完全由本国 神职人员接替外国神职人员管理东正教会的权限，却经历了约6年的过渡阶段，直至1956年才 全部接交完毕。
　　　　1966年“文化大革命”及以后的10余年间，中华东正教会只存其名而无任何活动。中共 十一届三中全会以后，始继续沿用中华东正教会名义开展教务和涉外交往活动。