辽金之际，居住在呼伦贝尔草原和斡难河上游一带的原室韦蒙兀部的后裔蒙古人逐渐发 展强大起来，并开始进行统一的活动。公元1206年(金泰和六年)，蒙古孛尔只斤部首领铁木 真终于统一了蒙古草原，被推举为大汗，尊称成吉思汗，建立蒙古汗国。随后发兵南进，于 1234年(金天兴三年)灭金。1260年，铁木真之孙忽必烈继承汗位。1271年（元至元八年）， 废蒙古号，改称大元，是为我国历史上的元朝。1279年(至元十六年)，元灭南宋，统一全国， 建都大都（今北京）。
　　　　蒙古汗国建立之初，实行的是军事、行政和生产相结合的分封制，即把所控制地区分封 给成吉思汗的兄弟子孙和功臣贵族，按十进位编户，设十户长、百户长、千户长和万户长以 治之。当时拙赤合撒儿的封地在蒙古东北部，也里古纳河(今额尔古纳河)、阔连海子(今达 赉湖)和海剌儿河之境；按赤台(合赤温之子)封地在蒙古东部，金边墙之外的兀鲁灰河和合 兰真沙陀之境，东至合剌温山(今大兴安岭)；铁木哥斡赤斤封地在蒙古东北最远处，包括今 呼伦贝尔草原及大兴安岭东西之地，后又扩展至嫩江、松花江流域；别里古台封地在斡难河( 今鄂嫩河)、怯绿连河(今克鲁伦河)中游一带。以上四家封地都在蒙古的东部，合称为“东道 诸王”之地。元朝建立前后，逐步推行汉制，在全国范围内确立中央集权的封建统治体系， 中央置中书省（下设六部）以总政务，设枢密院以掌军事，设御史台以司监察。在地方则创 立行省制度，除京畿腹地由中书省直辖外，全国设立11个行中书省，作为地方最高政权机构。 其下分设若干路、府、州、县。管辖今黑龙江地区的是辽阳行省。
　　　　辽阳行省初置于1269年（至元六年），后曾一度撤销，1287年（至元二十四年）复置。 治于辽阳城（今辽宁省辽阳市）。其辖境大体包括今东北三省和河北省的东北部及黑龙江以 北、乌苏里江以东的广大地区，西与岭北行省和中书省毗连，北至外兴安岭，东临日本海， 南达朝鲜半岛北部。下辖7路、1府、12州、10县。今黑龙江省地域分属辽阳行省的开元路和 水达达路管辖。
　　　　一、开元路
　　　　开元路之名来自东夏。1233年蒙古灭东夏后，即于建州故城（今俄罗斯境内乌苏里斯克） 之北石墩寨设官行路事。1235年，改置开元、南京二万户府，治黄龙府（今吉林省农安县）。 1243年，恢复路的建置。1261年，置开元等路宣抚司。1266年复置宣抚司。翌年，改称辽东 路总管府。1278年（至元十五年），再设宣慰司。1286年（至元二十三年），撤司改置开元 路，隶于东京行省（即辽阳行省）。1342年（至正二年），移治于咸平府（今辽宁省开原 县）。开元路所辖范围变化较大，设立之初仅为原金和东夏的恤品路辖域，后来曾东达今日 本海，南至曷懒路南境，西临辽河，北抵外兴安岭。至1266年，恤品、曷懒二路分出，辖境 仅有今松花江流域及黑龙江中下游一带。到13世纪初又析出水达达路，辖境只剩下今松花江 上中游及嫩江下游流域了。今哈尔滨市、牡丹江市以及绥化地区的南部，均在其辖境之内。
　　　　开元路为仅次于行省的二级地方行政建置，设有总管府，置达鲁花赤（蒙古语，意为镇 守官，由蒙古人担任）、总管各1员，均为长官，秩从三品。其下属有同知、治中、判官、 推官等正官及经历（掌文秘）、知事（经历副手）、照磨（文书）等缺。附设有司狱司，置 司狱、丞各1员；平准行用库（掌货币发行与收换）及税务司，各置有提领、大使、副使； 织染局，置局使、副使；杂造局及府仓，置大使、副使；录事司（掌城内户民事），置达鲁 花赤、判官、典史等各1员。
　　　　开元路下辖若干府、州、县及千户所等建置。其中肇州、镇宁州设在今黑龙江省境内。
　　　　肇州1293年（至元三十年）决定建置，治于今肇东市四站镇八里城。肇州初设宣慰司， 翌年废。1295年（元贞元年）于其地置屯田万户府，直隶于辽阳行省，设有达鲁花赤、万 户（秩从三品）、副万户、经历、知事及提控案牍各1员，令使5员，镇抚2员。
　　　　镇宁州1351年(至正十一年)于原金上京一带建置，设有达鲁花赤、知州各1员，为一州 之长；同知1员，为其副职；判官1员，兼捕盗之事；吏目1员，处理具体事务。
　　　　二、水达达路
　　　　水达达，又作水鞑靼，亦称女真水达达，系泛指世居于黑龙江中下游、松花江下游和乌 苏里江流域及其东至滨海之地的诸部女真人。蒙古汗国时期，上述区域先后分隶于开元、曷 懒二路及开元、南京二万户府。1261年改隶于开元等路宣抚司。1266年分隶于开元、恤品、 曷懒诸路宣抚司。大德年间（1297～1307年）置水达达路，直隶于辽阳行省。其辖境在今黑 龙江省克山、明水以东，佳木斯、兴凯湖以北，包括今俄罗斯境内黑龙江下游两岸及乌苏里 江东岸至滨海地区。路治待考。
　　　　水达达路的机构设置与开元路略同。其辖区内初置5个军民万户府，其中：胡里改万户 府治于原胡里改路治（今依兰县五国城旧址）；斡朵怜万户府位于今依兰县城西马大屯附近； 桃温万户府位于今汤原县香兰镇固木纳城；脱斡怜万户府位于今桦川县万里河通古城址；孛 苦江万户府在今俄罗斯境内博郎湖畔的古城（亦有人考证在今富锦市一带）。其后为了管辖 和镇抚黑龙江下游地区，又在奴儿干城（今俄罗斯境内黑龙江入海口附近）置征东招讨司（ 元帅府），设达鲁花赤及招讨使各1员，秩正三品；1284年（至元二十一年）派军士在此屯 田，后又置屯田总管府。1297年（大德元年）又在今俄罗斯阿纽依河口处的哈儿分地方置管 兀者乞列迷万户府。1355年（至正十五年）正式置吾者野人乞列迷等处军民万户府。在今孙 吴、黑河一带置有管理鹰人的失宝赤万户府。在今松花江中游一带置塔海万户府，治于今通 河县大古洞村附近。在原蒲与路一带置蒲峪路屯田万户府。
　　　　万户府一般皆置有达鲁花赤、万户（均为三品）等主官，其下设副万户。其职务世袭， 有功者升迁。每府设经历、知事、提控案牍等缺。下辖镇抚司，置蒙、汉镇抚2员；若干千 户所，分别置有达鲁花赤、千户、副千户各1员，弹压2员。每个千户所又下辖若干百户所， 分别置有百户，蒙、汉参用。
　　　　此外，还有泰州，系辽、金泰州之地，元初隶于辽阳行省，1315年(延二年)改为泰宁 府。1317年(延四年)升为泰宁路，仍隶于辽阳行省，后改隶于中书省。下辖泰宁县，置达 鲁花赤和尹各1员，为一县之长，副职为簿。另有尉1员，主捕盗之事；典史、巡检各1员。