1368年(明洪武元年)朱元璋称帝，建都南京，国号明。同年八月攻克元大都（今北京）， 推翻元朝统治，进而逐步统一全国。是为我国历史上的明朝。
　　　　明初的政治制度大体承袭元代，在中央设中书省，置左、右丞相总揽政务；不久废丞相 而由六部尚书分任国务，直接对皇帝负责；后又设内阁大学士，其地位高于六部。在地方上 始设行中书省，总揽一省军、政、司法。不久废行省制，在全国设南北2个直隶地区和13个 承宣布政使司。在承宣布政使司置左、右布政使各1员，主管一省民政；设提刑按察使司管司 法；设都指挥使司管军事。三司互不统属，分别直辖于中央有关机构。明控制东北地区以后， 考虑到当地具体情况，没有再设置行省或布政使司，而由设在广宁（今辽宁省北镇满族自治 县境内）的钦差镇守辽东太监（镇守内臣）、钦差镇守辽东地方总兵官、钦差巡抚辽东地方 都察院都御史等三大官员，共同管辖整个东北地区，有关军、政、司法和边务大事由三人共 同议定。其下分设辽东都司（今辽宁省辽阳市，1375年置）、大宁都司（今内蒙古自治区宁 城县大明城，1387年置）、奴儿干都司，分统各地的卫所。今黑龙江省之地初为辽东都司所 辖，1409年后为奴儿干都司所辖。
　　　　一、奴儿干都司
　　　　1404年（明永乐二年），奴儿干一带的部族首领相率入朝，明廷决定建置奴儿干卫，分 别以其首领为指挥同知、镇抚等官。接着在短短的五六年时间里，先后在黑龙江流域各地建 置100多个卫所。为加强对这些卫所的管理，1409年（永乐七年）5月21日，明廷决定设置奴 儿干都指挥使司（简称奴儿干都司），任命康旺为都指挥同知，王肇舟为都指挥佥事。1411 年（永乐九年）春，都司衙门于特林地方（位于今俄罗斯境内黑龙江下游阿姆贡河口）正式 建立。其管辖范围西北起斡难河（今鄂嫩河），北至外兴安岭，南接图们江，东北越海而达 库页岛。
　　　　奴儿干都司与内地的都司不同，由于境内没有布政使司及州县的建制，故兼具军、政、 司法三个方面的职能而成为相当于省一级的具有羁縻性的地方政权机关。它直隶于中央，由 职方清吏司管理；但也要接受辽东太监、总兵官、巡抚都御史等东北地区三大官员的节制。
　　　　奴儿干都司衙门设指挥使1员，为都司的主官，正二品；副职为都指挥同知，2员，秩从 二品；都指挥佥事，4员，秩正三品。下设经历司（掌出纳文移），置经历、都事、吏目各1 员；断事司，置断事、副断事、吏目等缺；司狱司有司狱，仓库草场有大使、副使各1员。 至1427年（宣德二年），建制趋于完备，并分别由都指挥、同知、佥事等员掌印、练兵、屯 田。
　　　　都司官员中除汉人为流官外，其他官员皆为世袭，享有正式俸禄。都司和所属卫所的各 级官吏均由明朝政府任命，并分别持有朝廷颁发的诰印（委任状及关防印信）、冠带、袭衣 等。
　　　　奴儿干都司建立后，明廷不仅派军常驻镇守，并不时派官前往巡视，著名太监亦失哈曾 10余次前往奴儿干视察，所留下的《敕建永宁寺记》与《重修永宁寺记》两通刻记石碑(现 存俄罗斯海参崴博物馆)，成为明朝管辖黑龙江流域广大地区的历史见证。
　　　　二、卫所
　　　　奴儿干都司的下一级机构是卫，其地位大体相当于县。设指挥使1员，为主官，正三品； 副职为指挥同知，2员，从三品；指挥佥事4人。其属官有镇抚司镇抚2员，从五品。下设经 历司，置经历、知事、吏目等员。卫以下设所，为基层政权机关。置千户1员，正五品；副 千户2员，从五品；镇抚2员，正六品。千户所下辖10个百户所，各置百户1员，从六品；总 旗2员，小旗10员。卫所亦为军政合一的地方政权机构，除了军事职能外，还要负责地方行政 事务的管理。其官员均由明朝委任本地部落酋长世袭，没有流官。
　　　　奴儿干都司建立之初，境内共设有115个卫、所，至1447年（正统十二年），增加到184 卫、20所。到明后期万历年间(1573～1620年)，又增至384卫、24所。其中在今黑龙江省境 内设置的卫所约有一二百个，大体可以确定的有：
　　　　建州卫，在今绥芬河流域。兀者卫，在今呼兰河中下游一带。兀者左卫，在今汤旺河中 上游一带。兀者右卫，在今通肯河流域。兀者后卫，在今小兴安岭之南。撒力卫，在今通河 县岔林河屯一带(一说在巴彦、木兰一带)。屯河卫，在今汤旺河流域。安河卫，在今牡丹江 支流五道河子流域。塔山卫，在今呼兰县一带(一说在巴彦、木兰一带)。嘉河卫，在今宾县 夹板河流域。速平江卫，在今绥芬河流域。阿速江卫，在今乌苏里江流域。苏温河卫，在今 乌裕尔河支流双阳河流域。亦马剌卫，在今巴彦县西集镇以北野马山一带。卜颜卫，在今木 兰县白杨木河一带。脱伦卫，在今松花江下游都鲁河流域。肥河卫，在今宾县蜚克图河流域。 纳木河卫，在今讷河市讷谟尔河流域。卜剌罕卫，在今绰尔河流域。纳邻河卫，在今拉林河 流域。麦兰河卫，在今穆棱河流域。木兰河卫，在今木兰县境。纳剌吉河卫，在今呼兰河支 流纳尔吉河流域。考郎兀卫，在今同江市东额图古城。呕罕河卫，在今勃利县倭肯河流域。 阮里河卫，在今雅鲁河流域。木兴河卫，在今蚂蚁河流域。札肥河卫，在今同江市查匪噶山 一带。木里吉卫，在今嫩江县墨尔根河流域。木速河卫，在今汤旺河支流穆逊河流域。乞勒 尼卫，在今抚远县勤得利一带。弗提卫，在今富锦市城西古城。阿伦卫，在今阿伦河流域。 使坊河卫，在今绥芬河支流舒范河流域。可木卫，在今同江市街津口附近一带。弗思木卫， 在今桦川县万里河通古城一带。斡朵伦卫，在今依兰县城西马大屯一带。五屯河卫，在今鹤 岗市东梧桐河流域。兀剌忽卫，在今通河县东大富拉珲河口一带。忽鲁爱卫（即忽儿海卫）， 在今牡丹江流域。吉滩（河）卫，在今萝北县集达河流域。成讨温卫，在今鹤岗、汤原一带。 兀失卫，在今阿什河流域。
　　　　抚温千户所，在今汤旺河流域。兀者稳勉赤千户所，在今松花江中下游一带。兀者揆野 木千户所，在今抚远县境内克勒母噶山一带。哈三千户所，在今通河县境内。