明朝末年，以努尔哈赤为首的建州女真人在今辽宁省东部崛起，依靠其八旗制度所积聚 的力量，不断进行吞并周邻的战争。1593年（明万历二十一年），努尔哈赤统一了建州女真 各部。1616年（万历四十四年），努尔哈赤在赫图阿拉（今辽宁省新宾县境内）称汗，建立 后金政权。接着努尔哈赤及其继承者皇太极父子先后统一了女真诸部和整个东北地区。1636 年（崇祯九年），皇太极于盛京（今辽宁省沈阳市）称帝，改国号为清，并大举进攻明朝。 1644年(清顺治元年)，清世祖（顺治帝）入关，定都北京，进而夺取全国的统治权，建立了 中国历史上的清王朝。
　　　　清代地方行政制度，大体沿袭明制而略加改变，在省以下增设道一级组织，形成省、道、 府（直隶州、厅）、县（散州、厅）四级政权机构。但对作为“龙兴之地”的东北，长时期 内一直实行军府制(亦称“军政制度”)，设置将军、都统、副都统镇守，直至清末的1907年（ 光绪三十三年）才开始设置行省的建制。
　　　　早在入关前，清朝就已派兵驻防宁古塔等地，并将陆续归附的诸部人或编为牛录（佐 领），俱令披甲为八旗部伍；或设喀喇达(姓长)、噶珊达(乡长)，实行编户管辖，即使隔海 相望的库页岛地区也概莫能外；对蒙古诸部则于稽查户口、划定牧界后，编制牛录，建置盟 旗，从而有效地控制了黑龙江流域乃至东北全境。入关以后，清政府即宣布裁撤明朝设置在 东北地区的卫所。同时，以盛京为留都，设置盛京内务府，置驻防内大臣及副都统，率八旗 官兵镇守东北各地；并置礼、户、工、刑、兵等5部，分管各方面事务。1646年（顺治三年）， 内大臣改称昂邦章京（总管），颁给总管印信，仍统率东北八旗官兵，镇守东北全境。
　　　　为了抵御沙俄势力对黑龙江流域的入侵，清廷于1652年（顺治九年）派梅勒章京（副将） 率兵驻防宁古塔（今海林市境内）地方。1653年(顺治十年)，改置昂邦章京。于是盛京、宁 古塔两昂邦章京并设，将整个东北划分为两大军事驻防和行政管辖区域。1662年（康熙元年 ），盛京昂邦章京改称为“镇守辽东等处地方将军”，宁古塔昂邦章京改称为“镇守宁古塔 等处地方将军”。
　　　　随着抗俄斗争的发展，宁古塔将军由于辖区过大而往往鞭长莫及。为了彻底驱逐沙俄在 黑龙江地区的侵略势力，清廷于1683年（康熙二十二年）12月13日决定划出宁古塔将军所辖 之西北地区，添设黑龙江将军镇守，将军衙门设在黑龙江中游重镇瑷珲（亦称黑龙江城，原 为明代忽里平寨旧址，今俄罗斯境内维谢雪村）。这是黑龙江自成一个政区、设置省级政权 机构的开始，也是东北地区正式形成三将军并立，共同镇守管理东北的体制之发端。黑龙江 将军的设置，对统辖黑龙江地区特别是对遏制沙俄的入侵起了重要作用。1685年(康熙二十 四年)，由首任黑龙江将军萨布素等率领的清军，在黑龙江沿岸各族人民配合下，发动了驱 逐沙俄侵略者的著名战役——雅克萨之战，并取得了伟大胜利。1689年（康熙二十八年）， 中俄签订了《中俄议界尼布楚条约》（简称《尼布楚条约》），第一次以法律条文形式划定 了中俄东段国界。
　　　　但是，由于黑龙江将军衙门设立不久便从黑龙江北岸撤至南岸，并且一再后撤，远离黑 龙江沿岸地区；又因其长期只重军政，疏于民事；加之当时实行的封禁政策，更加剧了地旷 人稀、边境空荒的严重局面，在客观上为沙俄的继续入侵和渗透提供了可乘之隙，终于导致 了100多万平方公里的中国领土被沙俄所夺占的悲惨结局。在这种情况下，放弃封禁、移民 实边就成为必然的趋势。随着关内大量移民逐渐涌入黑龙江地区，民户日多，民事益繁，府、 厅、州、县的建置也相继出现。至20世纪初年，又因中东路的通车及全面放荒的实行，大量 “民事”待理；复因列强侵略活动加剧，涉外事宜更加频繁。这些都迫切要求在黑龙江地区 以“民政”的统治方式代替八旗管理体制。为此，清政府便于1907年（光绪三十三年）4月20 日改定东北官制，废盛京、吉林、黑龙江将军，同内地一样建立行省制。于是有了黑龙江行 省的设立。是为黑龙江地区设省之始。