伪满洲国成立之初，黑龙江省原所辖胪滨、室韦、奇乾、呼伦、雅鲁等５县和布西、索 伦２设治局，划归新设之兴安省管辖。其时，黑龙江省省以下地方建制为３７县、９设治局。 其中：
　　　　一等县１１个，即：龙江、拜泉、克山、绥化、呼兰、海伦、巴彦、瑷珲、萝北、漠河、 呼玛。
　　　　二等县１１个，即：大赉、肇东、讷河、青冈、安达、泰来、庆城、兰西、木兰、望奎、 肇州。
　　　　三等县１５个，即：嫩江、林甸、景星、龙镇、绥棱、汤原、通河、通北、 明水、依 安、乌云、绥滨、佛山、奇克、鸥浦。
　　　　设治局９个，即：甘南、泰康、铁骊、东兴、逊河、克东、凤山、德都、富裕。
　　　　１９３３年９月９日，伪民政部第１６号令规定，将各省原来设置的设治局，从１９３３ 年１０月１日起一律改为县的建制，并根据各县的政治地位、经济状况国防上的需要等，将 各县划分为甲乙丙丁４个等级。是时，黑龙江省共辖４６县其中：
　　　　甲类县７个，即：龙江、拜泉、克山、绥化、呼兰、海伦、巴彦。
　　　　乙类县８个，即：肇州、肇东、讷河、泰来、兰西、木兰、望奎、瑷珲。
　　　　丙类县１３个，即：青冈、安达、庆城、林甸、汤原、通河、通北、明水、依、大赉、 嫩江、萝北、漠河。
　　　　丁类县１８个，即：甘南、泰康、克东、富裕、景星、龙镇、绥棱、乌云、绥滨、佛山、 奇克、鸥浦、铁骊、东兴、凤山、逊河、德都、呼玛。
　　　　此外，在今黑龙江省境内，当时为吉林省所辖的县有：双城、依兰、宁安、宾县、延 寿、阿城、珠河、苇河、桦川、富锦、方正、抚远、东宁、穆棱、宝清、密山、五常、同江、 饶河、虎林、勃利等２１个。
　　　　１９３４年１２月１日，伪满将东北５省划分为１４省，各县的归属也作了相应调整。 并根据第１６８号敕令，在龙江省杜尔伯特旗、依克明安旗及滨江省郭尔罗斯后旗等区域内 施行旗制。当时，在今黑龙江省境内设有龙江、滨江、三江、黑河４省，共辖属７４县、３ 旗。其中：
　　　　龙江省，辖２５县、２旗，即：龙江、克山、拜泉（甲类县），泰来、讷河、洮南（乙 类县），林甸、依安、明水、嫩江、通北、大赉、洮安（丙类县），泰康、景星、甘南、富 裕、克东、德都、龙镇、突泉（１９３７年３月２５日更名为醴泉县）、安广、镇东、开通、 瞻榆（丁类县）等县和杜尔伯特旗、依克明安旗。
　　　　滨江省，辖２７县、１旗，即：海伦、绥化、呼兰、巴彦、双城、宁安（甲类县），宾 县、延寿、木兰、肇东、肇州、兰西、望奎（乙类县），阿城、五常、珠河、苇河、东宁、 穆棱、密山、安达、青冈、庆城（丙类县），虎林、东兴、铁骊、绥棱（丁类县）等县和郭 尔罗斯后旗。
　　　　三江省，辖１４县，即：依兰（乙类县），桦川、富锦、方正、抚远、宝清、通河、萝 北、汤原（丙类县），同江、勃利、饶河、凤山、绥滨（丁类县）。
　　　　黑河省，辖８县，即：瑷珲（乙类县），漠河（丙类县），鸥浦、呼玛、奇克、逊河、 佛山、乌云（丁类县）。
　　　　１９３６年４月１日，龙江省设立齐齐哈尔市。
　　　　１９３７年７月１日，新设牡丹江省，将原为滨江省所辖的东宁、宁安、穆棱、密山、 虎林５县划归其管辖。同时，将哈尔滨特别市改为普通市，划归滨江省管辖。
　　　　１９３７年１１月１日，将黑河省的瑷珲县和龙江省的龙镇县各析出一部分区域，设置 孙吴县，归黑河省管辖。同年１２月１日，牡丹江省设立牡丹江市，三江省设立佳木斯市。
　　　　１９３８年５月１２日，龙江省的洮安县更名为白城县；翌年１月１日，该省的龙镇县 更名为北安县。
　　　　１９３９年６月１日，伪满为实施“北边振兴计划”，新设北安、东安２省，其中：
　　　　北安省，将原为龙江省所辖的依安、克山、明水、克东、拜泉、德都、嫩江、北安、通 北９县和原为滨江省所辖的绥化、望奎、庆城、铁骊、绥棱、海伦６县划归其管辖。
　　　　东安省，将原为三江省所辖的饶河、宝清２县和原为牡丹江省所辖的密山、虎林２县划 归其管辖，并新置林口县。
　　　　同时，三江省析汤原、萝北２县各一部分区域设置鹤立县；撤销凤山县，所辖区域并入 通河县。牡丹江省析东宁、穆棱２县各一部分区域设置绥阳县。
　　　　１９４０年５月，龙江省的泰康县撤销，所辖区域并入杜尔伯特旗。
　　　　１９４１年１月１日，将三江省的勃利县划归东安省管辖。同年８月，将黑河省的佛山 县划归三江省管辖。９月１日，东安省析密山县部分区域设置鸡宁县。
　　　　１９４２年１月１日，东安省省会东安街升置为东安市。
　　　　１９４３年１月１日，将北安省的嫩江县划归黑河省管辖。同年７月１日，黑河省所辖 的奇克、逊河２县合并为逊克县；北安省的庆城、铁骊２县合并为庆安县。
　　　　１９４３年１０月１日，将牡丹江、东安和间岛（在今吉林省境内）３省合并设立东满 总省，原３省改为３个区域，其所辖市、 县建制不变。同时， 将原为龙江省所辖的醴泉县 划归新设的兴安总省管辖。
　　　　１９４５年５月２８日，东满总省撤销，将其原辖间岛区域划出，仍设为间岛省；将其 原辖牡丹江区域和东安区域合并，设立东满省。省以下所辖市县建制不变。
　　　　至伪满覆亡前夕，在今黑龙江省境内共设有龙江、滨江、三江、黑河、北安、东满６省。 共辖哈尔滨、齐齐哈尔、牡丹江、佳木斯、东安等５市、７４县、３旗。
　　　　一、伪市政权机关
　　　　伪满时期的市，为一个省的省会所在，是日本帝国主义对其周围广大地区进行政治统治、 经济掠夺和文化专制的中心。伪市政机关则是日伪实施反动统治的中枢，直属于所在省的伪 省公署。
　　　　根据１９３６年３月２６日伪满公布的《市官制》和１９３７年１２月１日修正公布的 《市制》规定：“市为法人，承官之监督于法令范围内处理其公共事务，并依法令或惯例处 理属于市之事务。”市的行政机关为伪市公署，其首脑为伪市长、副市长。伪市长统辖市、 代表市，其职权范围是：承伪省长之指挥监督，执行法律命令，管理市内行政事务；指挥监 督所属职员，关于其进退赏罚呈请伪省长核办；关于市内行政事务得依其职权或特别委任发 布市令。伪副市长辅佐伪市长监督各处或各科事务，伪市长有事故时代理其职务。实际上， 市政一切大权都掌握在日本人担任的伪副市长手里。
　　　　伪满时期，伪市长没有警察权，警察官厅与市公署分离而单独设立。１９４０年１０月， 根据新修正的《市官制》规定，始将警察官厅置于伪市长监督之下。
　　　　伪市公署一般置伪市长、副市长各１人，均为荐任或简任。伪市长由中国人汉奸或日本 人担任，伪副市长则均由日本人担任。在伪市长、副市长之下置理事官、事务官、技佐、视 学、技士、属官等若干人。对于伪市公署组织机构的设置，伪满中央没有统一规定，而是根 据实际情况，由各省拟具后呈报伪满中央核准。
　　　　黑龙江地区各伪市公署的组织机构具体设置情况如下：
　　　　(一)伪齐齐哈尔市公署
　　　　伪满之初，统理齐齐哈尔的行政事务的机构为伪黑龙江省公署省城市政局。市政局内设 总务、工务、实业、社会、经理５科。１９３３年４月省城市政局改设为齐齐哈尔市政局。 １９３６年４月１日，又改为伪齐齐哈尔市公署。伪市公署内设伪市长、参事官（由日本人 担任，１９３７年７月以后改为副市长），下置总务（后改称庶务）、财务、行政、工务４ 科。另设由７名会员组成的咨议会。１９４０年增设保健卫生科。同年１０月将单设的警察 厅划归市公署统辖并改称警务处。同时，在市公署内增设经济、地政２科。
　　　　(二)伪哈尔滨市公署
　　　　１９３７年７月，哈尔滨特别市改为普通市后，伪市公署在伪市长、 副市长（日本人） 之下设官房、民生处、实业处、财务处、工务处、 交通局； 另设咨议会。１９４０年１０ 月，将单设的警察厅改为市公署隶署下的警察局。１９４３年４月，哈尔滨市公署改革行政 机构，下设官房、行政处、实业处、卫生处、工务处和警察局。
　　　　(三)伪牡丹江市公署和伪佳木斯市公署
　　　　牡丹江市和佳木斯市均设置于１９３７年１２月１日。两个伪市公署的机构设置相同， 即均在伪市长、副市长（其中，牡丹江市的伪市长、副市长均由日本人担任）之下置有庶务、 工务、行政、财务、保健卫生等５科。１９４１年，将独立的警察厅并入市公署，改为警务 处。１９４２年，增设地政、经济２科。
　　　　(四)伪东安市公署
　　　　东安市设置于１９４２年１月１日，伪市公署在伪市长、副市长（均由日本人担任）之 下设有庶务、行政、财务、经济、保健卫生和工务等６科。
　　　　二、伪县政权机关
　　　　日本帝国主义侵占齐齐哈尔、哈尔滨以后，并未能立即占领黑龙江省境内各县，直到 １９３３年３月才占领了境内的主要县城。因此，各县伪政权机关的建立是逐步实现的。伪 县政权机关是日本侵略者实施反动统治最重要的指挥机构。它直属于各伪省公署。
　　　　１９３２年７月５日，伪满政府公布的《县官制》和《自治县制》规定，县为法人，受“ 国家”之监督，于法令范围之内处理其公共事务，并依法令或惯例处理属于县之事务。县的 行政机关为伪县公署，其首脑为伪县长、参事官（日本人）。伪县长指挥县、代表县，其职 权范围是：承伪省长指挥监督，执行法令，管理县内行政事务；指挥监督部下官吏，关于其 进退赏罚呈请伪省长核办；关于县内行政事务得依职权或特别委任发布县令。伪参事官辅佐 伪县长，参与县之重大行政决策，并承伪县长之命掌管日常事务。实际上，一切县政大权均 由日本人参事官总揽。
　　　　１９３７年１２月１日，新公布的《县官制》规定，废自治县制，取消参事官制度，参 事官改为副县长。副县长辅佐县长，承其命监督各科之事务，县长有事故时代理其职务。
　　　　１９４１年以后，日本侵略者为了加强对边境县的控制，在东宁、绥阳、穆棱、虎林、 鸡宁、密山、瑷珲、孙吴等县，伪县长、副县长均由日本人担任。
　　　　伪县公署建立之初，一般在伪县长、参事官之下置有总务科和内务、警务、实业３局。 为了适应日本帝国主义殖民统治的需要，伪民政部于1933年８月１２日发布各县临时改 组办法，将各县分为甲乙丙丁四级，公布定员。根据各县等级的不同，伪县公署的内部机构 设置亦不相同。其中，甲、乙两级县，一般置总务科及内务、警务、财务、教育４局；丙、 丁两级县，一般不设教育局，教育事项由内务局兼管。同时，还决定改变过去县长更迭连同 所属职员一起变动的惯例，实行官吏的正式委任制。
　　　　１９３７年１２月１日，伪满开始实行新的《县制》、《县官制》，将伪县公署机构中 所设各局改设为科，一般在伪县长、副县长之下置庶务、行政、财务、开拓（或实业）、警 务、教育等６科。而在黑河省，由于实行“特殊省官制”，伪省公署的职能加强，伪县公署 被看作省公署的办事处，其机构除瑷珲县设庶务、民生、警务３科外，其他８个县均设庶务、 民生、警务３股。
　　　　１９３９年至１９４１年期间，各县公署机构变动不大，只有少数县作了调整。
　　　　其中，伪宁安县公署设有庶务、行政、警务、财务、开拓、经济、实业、教育８科，而 穆棱县仅设庶务、行政、财务、实业４科，绥阳、东宁两县则只设庶务、行政２科。凡不设 警务科而又地处边境地带的县，一律设国境警察队。
　　　　１９４４年，各伪县公署增设动员科，主要掌理劳务动员和劳务“统制”，即负责“勤 劳奉仕”、抓派劳工等事宜。
　　　　三、伪旗政权机关
　　　　“九·一八”事变之前，在今黑龙江省境内所设杜尔伯特、依克明安、郭尔罗斯后旗等 ３个蒙古扎萨克旗，均隶于国民政府蒙藏委员会，由东北政务委员会蒙政处直接管理；所在 省行政长官只对该旗政务起监督作用。
　　　　东北沦陷以后，伪满洲国于１９３２年７月５日，以第５２号教令公布了《旗制》，此 后多次进行修正。１９３４年１１月２９日，又以第１６８号敕令公布《吉林省郭尔罗斯前 旗等四旗施行旗制之件》，决定从１２月１日起，在吉林省郭尔罗斯前旗、龙江省杜尔伯特 旗、依克明安旗及滨江省郭尔罗斯后旗等之区域内施行旗制。上述４旗中，后３旗位于今黑 龙江省境内。
　　　　修正后的《旗制》规定，旗为法人，承“国”之监督，于法令之范围内，办理其公共事 务，及依法令属于旗之事务。旗设伪旗长（原称扎萨克）１人，由蒙古族人担任；设参事官 １人，由日本人担任。另设事务官２人，技正１人，警正１～２人，警佐３人，属官５人， 其中多由日本人担任。
　　　　伪旗公署（由扎萨克公署改设）置总务、内务、警务３科。其中，总务科，掌人事、文 书、会计及其他不属于他科主管事项；内务科，掌旗内自治团体、公共组合之监督，并教育、 宗教、劝业、土木、交通及其他地方行政；警务科，掌关于警察，卫生及自卫团之事务。科 置科长，总务科、内务科之科长由事务官充任，警务科长由警正充任。
　　　　１９３５年１月８日，伪国务院民政部、蒙政部（１９３４年１１月由兴安总署改设） 联合发出训令，明确规定了两部与各省、旗的关系，其中兴安东、西、南、北四省隶属于伪 蒙政部；各省及省属下的旗隶属于伪民政部。吉林、龙江、滨江３省所辖的４个蒙古旗，以 各管辖省公署为第一监督，蒙政部为第二监督。