土地资源　孙吴县现有耕地60万亩，可垦荒地20万亩，现有林地 500万亩，草原面积81.9万亩。

　　水资源　境内有大小河流共计29条，除二道河直接注入黑龙江，科洛河属嫩江水系外，均属黑龙江支流逊河水系。天然水面18.6万亩。全县河谷平原区地下水资源极为丰富，水埋藏深度4——11米，含水层后3——25米，单位用水量5——10吨/小时·米。
　　气候资源　孙吴县地处中高纬度，属寒温带大陆性季风气候。冬季受蒙古高压冷空气影响，漫长而寒冷;夏季受东南季风控制，温和多雨;春季风大;秋季降雨急剧，常有早霜危害。的气候特征是气温较低，无霜期较短，夏季日照时间长，温差大。积温在1，571.1℃—2，117.4℃。年平均降水量为540.7毫米。平均降雪期为215天，最多为244天，最少为180天，最大降雪深度为53厘米。
　　动物资源　孙吴县野生动物在国家动物地理区划上，属古北界东北区长白山亚区。境内夜深动物近300余种，主要有鸟类150余种，兽类40余种，鱼类分数11科47种。境内的马鹿、驼鹿、天鹅、棒鸡、鸳鸯、猞猁、水獭、银鼠等列为国家重点保护的二、三类珍稀动物。
　　植物资源　境内野生植物属长白山植物区系，种类多达 400余种。树木有红松、樟子松、落叶松、鱼鳞松、榆树、枫桦、黑桦、柞树、白桦、椴树、山杨、色树、水曲柳等。天然牧草有莎草科的塔头苔草、球穗、碎米沙草等;禾本科的小叶章、大叶章、芦苇、狗尾草等;豆科的山野豌豆、广布野豌豆、野火球等。药用植物有北五味子、土三七、兴安黄芪、大叶柴胡、柴胡、蛇床、平贝、麦角、百合、赤芍、白芍、东北龙胆、桔梗、关苍术、问荆、党参、刺五加、蒲公英等。经济价值较高的土特产有木耳、猴头、榛子、都柿、黑白柳条;山野菜有蕨菜、薇菜等。
　　矿产资源　已探明的矿产资源有黄金、石英砂、沸石、珍珠岩、玄武岩、花岗岩、膨润土等七种，总储量为2亿吨。