黑龙江航运公安处于1985年7月15日改为黑龙江航运公安局。过去黑龙江航运管理局所属公安部门是企业编制。现在航运人民警察列入国家警察的组成部分。黑龙江航运公安局所属的松花江、合江、黑河航运公安分处改为分局，嫩江设航运公安科；其余船坞、港口和航务工程分别设7个派出所、警察队和公安科。分局管辖航运站派出所和客轮乘务民警。