从1980年开始，哈医大的教师就曾提出筹办生物医学工程专业的问题，并与工科院校教师协作搞过一些科研；哈船院自控系、力学教研室、水声工程系的许多教师也和生物研究所、医院、医科院校建立联系，积极开展有关生物医学工程的各项研究和医学仪器的研制，已取得良好效果，并在学院成立了生物物理与生物医学工程学组，积极参与省内外、国内外的学术交流。
    为了加强校际之间的协作，发挥各自的优势，在科研上，在招收研究生、本科生的教学工作中进行全面合作，联合办好“生物医学工程与仪器”专业。1984年12月5日，在哈医大正式举行了签字仪式，宣布了两校全面合作的协定，为我省高等教育的校际横向合作事业，开创一个新局面。经过短期的筹备，这个新专业开始招收第一期新生24名，于1985年9月1日入学。