黑龙江省医学科学院原设在哈尔滨医科大学，受省卫生厅和学校双重领导。党的十一届三中全会以来，为了更好地发挥高等院校教学科研中心的作用，省卫生厅先后批准在哈尔滨医科大学建立八个研究所和十个独立研究室。这些研究所、研究室隶属黑龙江省医学科学院，由哈尔滨医科大学代管。为适应科技体制改革，促进院校合一，1985年11月，经省政府批准，省卫生厅将黑龙江省医学科学院正式移交给哈尔滨医科大学。
    黑龙江省医学科学院下设肿瘤研究所。克山病研究所、大骨节病研究所、基础医学研究所、卫生学研究所、心血管疾病研究所、血液病研究所、医学人口研究所以及心血管外科研究室、计划生育研究室、呼吸疾病研究室、老年病第一研究室、老年病第二研究室、放射病研究室、放射学研究室、神经精神病研究室、仪器中心实验室和医学情报研究室。省医学科学院现共有445名编制，设有医科院办公室，定编5人。
    省医科院系统现有研究员、教授3人；副研究员、副教授29人；助理研究员72人；研究实习员55人（以上为职称聘任前数字）。
    “六五”计划期间共有174项科研成果获奖。其中1项获国家攻关表彰奖，5项获卫生部甲级奖，4项获卫生部乙级奖，3项获国家计划生育委员会奖，40项获省政府奖，102项获省卫生厅奖，18项获省计划生育委员会奖。