吕其恩，又名吕志恒。1911年10月生于奉天省庄和厅（今长海县）王家岛一个渔民家庭。1922至1931年，在岛上的小学及县城中学读书。1931年“九·一八”事变后，因学校停办失学。1932年到烟台山东省立第八中学读书。在校期间读了一些马列书籍，与同学组织了读书会，交流阅读进步书刊的体会。先后在《芝罘日报》创办副刊《鸣铎》，在《东海日报》开辟《原草》专栏，由他任主编，发表进步文艺作品。
　　1934年6月，在山东省青州县读高中时，经罗家治介绍，加入了共产主义青年团。1935年4月，烟台发生公安局长小舅子调戏奸污女中学生未遂而开枪将人打死的事件，引起全市学生的极大愤慨。吕其恩以八中学生会名义，发动各中等学校学生，成立烟台学生自治联合会，并举行抬尸游行示威，斗争取得胜利，震动全市。但不久，他被学校开除学籍。离校后去北平，入宏达中学读书。同年10月经共产党员李晓峰介绍加入中国共产党。年底，参加了震动全国的“一二·九”、“一二·一六”学生运动。翌年，吕其恩受党组织派遣，到张荫悟办的“乡村建设工作人员训练班”开展党的工作，任中共党支部书记。
　　1936年6月，回到烟台。在中学的师生中发展一批党员，组建3个党支部并先后成立烟台市工委和市委，他任工委和市委书记。同年秋，中共北方局决定将烟台市委与胶东临时特委合并，成立胶东特区工委，吕其恩任副书记。1937年底至1938年初，领导胶东几个县的农民，举行了著名的天福山抗日武装起义，成立山东人民抗日救国军第三军，理琪（胶东特区工委书记）任军政委员会主席，吕其恩任副主席。1938年，理琪牺牲后，他担任部队总指挥，率三军一举歼灭伪福山县保安三中队，并与胶东抗日游击三支队汇合，在掖县、蓬莱、黄县创建山东省第一块抗日根据地。
　　1938年8月，吕其恩改任区工委组织部长，次年9月当选出席中共“七大”代表。1940年10月到达延安，先在中央党校学习，后调任中央党校校务部副部长。其间曾受过奖励，并受到毛泽东主席接见。1942年，与王军结婚。
　　1945年7月，吕其恩受中共中央派遣，到东北开展地下工作。途经胶东时，日本侵略军投降，形势发生急剧变化，上级决定他从胶东乘船北渡，到辽东半岛落脚，争取打通海上交通线。8月，组成挺进东北先遣队，他任司令员。这支队伍首先解放他的家乡王家岛，随后智取庄河县成功，成立庄河县民主联合政府，吕其恩任县长。他当即电告中央，建议从海上运送部队和干部到东北。中央根据这个建议，电令罗荣桓、肖华率军从胶东渡海开赴东北。他以庄河为基点，组织沿海大小船只，日夜不停地运送部队和干部，为与国民党争夺东北，建立巩固的东北根据地赢得了时间。中共安东市委、市人民政府建立后，他任市委书记兼市长，1946年被选为安东省政府副主席。1946年10月，国民党军进攻安东，根据上级指示，吕其恩率部撤离这座城市，在后方开展游击战争。1947年6月，第二次收复安东市，吕其恩任该市中共市委书记、市长。1950年2月，参加赴苏联学习团，同年7月回国后，任中共沈阳市委常委、组织部长。
　　1950年12月，吕其恩奉调到中国人民志愿军后勤部检查组工作。后勤五分部建立后，任部长兼党委书记。在他和分部同志的努力下，五分部所担负的运输线，成为“打不断，炸不烂的钢铁运输线”，多次受到志愿军司令部的表彰，并获得朝鲜民主主义人民共和国二级勋章。
　　1952年12月，吕其恩任哈尔滨市市长，中共哈尔滨市委常委。任哈尔滨市市长后，他把主要精力放在经济建设方面，尤其是发展地方工业。在“一五”期间，他从全局出发，明确提出地方工业要为国家大企业——“156项工程”服务，以此为基点制定城市的全面规划，并于1956年得到国务院的批准。一些国家的重点工程，如“三大动力”、量具刃具、亚麻、电表仪器等厂，还有一些军工厂，都是按规划有序地建设起来的。在“一五”计划完成时，哈尔滨市新的工业区动力区、平房区已经形成。地方工业的发展及一些大企业的建成，使哈尔滨市成为布局较为合理的新兴工业城市。吕其恩是这个城市发展前进的奠基人之一。
　　他还亲自主管市政建设，尤其重视各项文化设施。在学府路一带，新建、扩建哈尔滨医科大学等高等学府、专业学校、科研单位，形成新的文化教育区。经他审批建设的友谊宫、工人文化宫、青年宫、少年宫等，为哈尔滨市容增色。由他多方交涉而开辟建设的动物园（原林学院试验林场）、儿童公园（原铁路苗圃）、江畔斯大林公园（原铁路贮木场），已成为全市人民游览休息的场所。
　　1957年8、9月间，松花江出现了百年不遇的特大洪峰，水位高于市街，达到120.30米，比1932年哈尔滨被淹时的水位高40厘米。松花江犹如从地上腾起的一条悬河。如何战胜洪水，保住这座现代化的城市，成为全市各级领导、全体军民的千钧重任。根据市委的部署，吕其恩亲任抗洪总指挥，日日夜夜工作在第一线，带领十几万抗洪军民，与洪水搏斗两个来月。常常在风雨中，亲临现场指挥抢险。哪里有困难、哪里有险情他就到哪里。一天夜里，道外江堤渗水，溃浓面越来越大，情况十分紧急。在这紧要关头，吕其恩带领几位水利专家赶来。他们用手电筒照明，研究对策。决定用开沟导渗的办法，防止坝身的塌陷。吕其恩拿起铁锹，带领大家一面挖沟，一面塞进柳条，使水顺着柳条流出，避免江堤塌陷。抢险结束，天已放亮，参加抢险的人们才看清，和他们奋战一夜的原来是吕市长。由于指挥适宜，组织周密，经过全市军民顽强奋战，赢得了时间，战胜了洪水，保住了哈尔滨市的安全。战胜洪水后，在江岸修筑了半永久性石砌长堤，沿江建起带状江畔公园，并建造一座雄伟壮观的防洪胜利纪念塔，永志全市军民及其指挥者战胜洪水的功绩。
　　一场特大的洪水过后，哈尔滨太阳岛被淹地段的各种游览设施，几乎全被破坏。为了重建太阳岛，吕其恩本着依靠群众，艰苦创业的精神，组织有关部门精心营建，逐步建设起一个远近闻名、为人们向往的风景区。
　　1959年，吕其恩随同省长李范五去国务院汇报工作，反映哈尔滨城市建设中急需补长的“短腿”问题，经国务院批准，建成第三水源地、太平跨线桥、水泥管厂三项工程。第二个五年计划期间，在他的主持下，在市区的下风向，建设了三棵树化工区，在杨马架子建设了哈西工业区。中华人民共和国成立30周年，他撰写《天鹅项下一颗明珠》一文，发表在《人民日报》上。描述中华人民共和国建国以来哈尔滨市建设的成就和这座祖国北疆城市的面貌。
　　哈尔滨市是一个富有音乐传统的城市，在市委的领导下，吕其恩积极支持宣传、文化部门筹办“哈尔滨之夏”音乐会。1961年首次试办，后来逐步坚持，已成为哈尔滨市人民的一项传统文化活动，并在全国产生一定影响。哈尔滨地处祖国北方，冬季气候寒冷，冰雪资源丰富。1962年春节期间，中共哈尔滨市委第一书记任仲夷发现居民用铁桶冻出空心冰罩，中间点灯，玲珑美观，提议有关部门研究。吕其恩组织城建、园林、美术等部门研究后，创制大型冰灯、冰雕。1963年举办了首届冰灯游园会，直至成为一年一度的冰雪节，吸引大量的中外游人，还组团出国参加比赛，使哈尔滨冰雕艺术走出国门。
　　作为市长，吕其恩十分关心人民群众生活，诸如职工群众住房、上下班乘车，吃早点、吃豆腐，蔬菜供应等等都亲自过问，并与有关部门研究解决存在的问题。他为人谦和，平易近人，工作勤恳认真，深受全市人民的尊敬和爱戴，群众赞誉他是“人民的好市长”。
　　在“文化大革命”中，他遭到批判、毒打，备受折磨。1969年被送往劳动改造。在遭受迫害的过程中，他始终坚持真理，实事求是，不管受到怎样的威逼、毒打，从不说假话，不诬陷他人。
　　1971年吕其恩被“解放”，恢复工作，任市委副书记，市革命委员会副主任。就任以后，他主持召开全市各系统科技人员座谈会，听取意见，动员科技工作者为建设哈尔滨市献计献策。他不顾“文化大革命”种种“左”的干扰，认真规划、整顿城市的各项建设工作。1973年开始兴建“7381”战备工程，他任指挥，常常忍着病痛在现场检查、部署工程建设。当工程深入市区时，他强调一定要有长远观点，要平战结合，为哈尔滨市早日建成地下铁道创造条件。在病重期间，还要身边的同志用担架抬着去视察地下工程。
　　1979年7月18日，吕其恩病逝于哈尔滨，终年68岁。