黑龙江省境内河流众多，水系发达。主要河流有黑龙江、松花江、嫩江、乌苏里江、牡丹江、呼兰河、蚂蚁河、倭肯河、通肯河、安邦河、挠力河、海浪河、呼玛河、额木尔河、讷谟尔河、汤旺河、拉林河、乌斯浑河、乌裕尔河、穆棱河等。全省共有流域面积大于50 平方千米的河流2881 条。其中，50 平方千米—300 平方千米的河流有2516 条，300 平方千米—1000 平方千米246 条，1000 平方千米—5000 平方千米的86 条，5000 平方千米—10000 平方千米的12 条，大于10000 平方千米的21 条。境内河流分属黑龙江和绥芬河两个流域，但因汇流到黑龙江的松花江和乌苏里江流域面积较大，习惯上又称四个水系，即黑龙江、松花江、乌苏里江和绥芬河水系。全省有大小湖泊6000 余个，水域面积约3500 平方千米，其中主要的有兴凯湖、镜泊湖、连环湖和五大连池等4大湖泊。全省降水量年内月际分配不均匀，属于偏丰年份。全年地表水径流量846.98 亿立方米，地下水与地表水资源不重复量168 亿立方米，全省水资源总量1014.98 亿立方米。全年，经黑龙江省出境水量为951.13 亿立方米，入境水量为133.21 亿立方米。